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PythonのOpenBlasへのカスタム変更の追加

私の質問：Python自分のコンパイル済みOpenBLASバージョンを使用するにはどうすればよいですか？

バックグラウンド

Theano インストールガイド は、関連付けられているBLASライブラリコンポーネントが次のコマンドで正しく最適化されていることをテストする必要があることを示しています。

THEANO_FLAGS=floatX=float32,device=cpu python `python -c "import os, theano; print os.path.dirname(theano.__file__)"`/misc/check_blas.py 
THEANO_FLAGS=floatX=float32,device=gpu python `python -c "import os, theano; print os.path.dirname(theano.__file__)"`/misc/check_blas.py

結果は次のとおりです。

カード：GTX 770
CPU 0.62秒とGPU 0.11秒の結果

これらの結果が良かったかどうかわからない この投稿 で行ったように、さまざまなライブラリを比較することにしました。科学計算には可能な限りの高速化が必要なので、これは良い考えのように思えました。

GitHubからのOpenBLASのコンパイルとインストール

私は最新バージョンをテストするために：

  1. gitのクローンを作成しましたgit clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
  2. ディレクトリに入り、make TARGET=HASWELLを作成しました（TARGETは自動的に検出するため、実際には必要ありません）。
  3. make PREFIX=/opt/OpenBLAS installが後に続きます。
  4. libの下のファイル（libopenblas.a libopenblas_haswellp-r0.2.14.a libopenblas_haswellp-r0.2.14.so libopenblas.so libopenblas.so.0）を/usr/lib/openblas-haswell_cstm/にコピーしました
  5. Sudo update-alternatives --install /usr/lib/libblas.so.3 libblas.so.3 /usr/lib/openblas-haswell_cstm/libopenblas.so.0 30を通じて代替を追加

残念ながらこれはエラーになります：

$ Sudo update-alternatives --config libblas.so.3 
There are 4 choices for the alternative libblas.so.3 (providing /usr/lib/libblas.so.3).

  Selection    Path                                             Priority   Status
------------------------------------------------------------
  0            /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3               40        auto mode
* 1            /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3            35        manual mode
  2            /usr/lib/libblas/libblas.so.3                     10        manual mode
  3            /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3               40        manual mode
  4            /usr/lib/openblas-haswell_cstm/libopenblas.so.0   30        manual mode

Press enter to keep the current choice[*], or type selection number: 4
update-alternatives: using /usr/lib/openblas-haswell_cstm/libopenblas.so.0 to provide /usr/lib/libblas.so.3 (libblas.so.3) in manual mode
max@MaxLin:~/tutorials$ python
Python 2.7.8 (default, Oct 20 2014, 15:05:19) 
[GCC 4.9.1] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 18, in <module>
    from .polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 19, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq, inv
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 50, in <module>
    from .linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 29, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: gotoblas

これがコンパイルされたバージョンが 。so.3バージョン でないことに関係があるかどうかはわかりません。 libopenblas_haswellp-r0.2.14.soおよびmakeによって作成されたlibopenblas.soを使用してみましたが、エラーには影響しません。

pythoncompilingshared-libraryupdate-alternatives
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Max Gordon

カスタムDebianパッケージをビルドする場合は、既存のopenblasパッケージと Debianソースパッケージをダウンロード、変更、ビルド、インストールする方法 から始めることをお勧めします。

パッケージ名とライブラリファイル名は、パッケージが提供されたものを完全には置き換えないと思われる場合は変更できます。

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David Foerster