私の理解では、mysqlはPython 3.と互換性がありません。実行など、PythonのバージョンをダウングレードするためにGoogleでいくつかの方法を試しました。
conda install python=2.7.12
しかし、これはうまくいきませんでした。いくつかのゲノムデータを分析するためにRepeatModeler(バイオインフォマティクスツール)を実行しようとしているので、特にmySQLを使用する必要があります。誰かがこれを手伝うことができますか?私はしばらくの間、この問題を解決しようとしてきました。ありがとう!
あなたはしません。
Python2と3は実際には異なる言語/ランタイムです
pythonを呼び出すと、それはpython2であり、必要な場合はpython 3そのpython 3です。
たとえばubuntu18.04で
pythonを呼び出すと、直接
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
Python3の間
あなたにあげる
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
基本的にpython 2と3は共存でき、共存できます。特定のバージョンが必要な場合を除いて、virtualenvのようなものが必要になる場合があります。その設定は私の範囲外です。回答
Mysqlは
Mysqlサーバーメタパッケージをインストールすると、次のパッケージがインストールされます
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-Perl libcgi-pm-Perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-Perl
libhtml-template-Perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
pythonの要件はまったくありません。mysqlには、pythonおよびpython 3つのライブラリがあるようです。 。しかし repeatmodelerのgithubページ を見ると、Perlベースでpython前提条件がないようです。
実際には、問題を間違った方法で見ています。
興味深いことに、そのgithubページには
警告:機能的なRepeatModelerパッケージを使用するために、biocondaとdockerパッケージが浮かんでいます。どちらも正しく機能しません。当面は、以下のようにこのプログラムをインストールすることをお勧めします。
したがって、問題は他の場所にある可能性があります-おそらくあなたが使用しているanacondaリポジトリにあります。