web-dev-qa-db-ja.com

Slurmへの提出の一部として特定のPython環境をアクティブ化する方法は？

クラスター上でスクリプト（SBATCHファイル）を実行したい。仮想環境をアクティブにするにはどうすればよいですか（path/to/env_name/bin/activate）。追加するだけでいいですか：

 module load python/2.7.14
source "/pathto/Python_directory/ENV2.7_new/bin/activate"

my_script.shファイルにありますか？

pythonslurmsbatch
4
bib

はい。 SBATCH ...行の後、pythonを使用する前にこれらの行を挿入してください。

1
damienfrancois

Slurmへの送信の一部として特定のPython環境をアクティブ化することを意味しますか？これは私がジョブスクリプトに追加するものであり、うまく機能します。デフォルトで追加されるAnacondaを使用することに注意してください。インストール後に.bashrcスクリプトへの必要なパス。これがお役に立てば幸いです。

....
# define and create a unique scratch directory
SCRATCH_DIRECTORY=/global/work/${USER}/kelp/${SLURM_JOBID}
mkdir -p ${SCRATCH_DIRECTORY}
cd ${SCRATCH_DIRECTORY}

# Activate Anaconda work environment for OpenDrift
source /home/${USER}/.bashrc
source activate MyEnvironment 

# we execute the job and time it
time mpirun python slurmscript.py
6
Trond Kristiansen