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Windows 7へのrpy2インストール

コンピューターにrpy2をインストールしようとしていますが、実行できませんでした。

ソースパッケージをダウンロードし、python setup.py installコマンドを使用してRpy2（rpy2-2.3.2）をインストールしようとしました。これが結果です：

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

build installとeasy_installも試してみましたが、成功しませんでした。 R 2.15.2、Python 2.7.2およびWindows 7（32ビット）です。

何が悪いのですか？

PS。そのコマンドを貼り付けると、結果は次のようになります。

cygwin警告：

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

-LC：/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386 -lR

pythonwindowsrinstallrpy2
25
Luca Chiappi

OK。以前の経験から、Windowsにrpy2をインストールする方法についての指示はあまりないことがわかりました。正式にはサポートされていませんが、それほど難しくありません。いくつかのステップで、私が何をしたかを示し、他の人がフォローできるかもしれません。

これらの手順は、おそらくPython 2.7+およびR 3.2+でのみ機能しますが、おそらくR 3.0+で機能します。私は自分のシステムで使用したパスを入れています。それに応じてパスを変更してください：

最初に、これらの手順を試す前に、以前のrpy2インストールがすべてアンインストールされていることを確認してください（そして、インストール前にR 3.2+を持っていることは明らかです）。

  1. ここ からr2pyの.whlファイルをダウンロードします
  2. ファイルがダウンロードされたディレクトリからpip install [put .whl filename here]（コマンドラインで）を使用して.whlファイルをインストールします
  3. C:\Program Files\R\R-3.2.0\binのようなパスをPATH環境変数に追加します
  4. 次のような値でR_HOMEシステム変数を作成します：C:\Program Files\R\R-3.2.0
  5. ユーザー名でR_USERシステム変数を作成する
  6. R_LIBS_USERシステム変数を作成し、外部Rパッケージがインストールされている/インストールされるフォルダーへのパスを指定します。

それでおしまい。コマンドプロンプトを開き、コマンドRを入力します。これにより、Rセッションが開始され、バージョン情報が表示されます。

pythonを開き、次の行を実行して、問題が解決したかどうかを確認します。

import rpy2.robjects as robjects

うまくいけば、これが役立ちます。

23
pbreach

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2 のバイナリインストーラーを使用して、Windows 8.1 64ビットにrpy2を正常にインストールしました。通常、Windowsでパッケージをコンパイルするよりも、バイナリをダウンロードする方がはるかに簡単です。

また、R_HOME環境変数（私の場合、C:\Program Files\R\R-3.1.1）rpy2バイナリをインストールする前。それ以外の場合はRuntimeError: R_HOME not defined. rpy2をインポートしようとするとエラーが発生します。 （おかげで rpy2でのR_HOMEエラー ）

最後に、必ず%load_ext rpy2.ipython の代わりに %load_ext rmagic IPythonで使用する場合。 rpy2バージョン2.4.0の 新機能 の1つです。

（ありがとう IPythonノートブックとrmagic/rpy2：モジュールri2pyが見つかりません（OSX 10.8.5、python 2.7、R 3.1） ）

15
joon

また、Rpy2をWindowsで動作させることもできませんでした。数時間後、コンパイル済みのバイナリ 2.3.4.win-AMD64-py2.7 からR2.15とRpy2をハッキングして、 この質問 に従いました。インストール pyper 代わりに。多分これはサポートがあるまであなたのために働くでしょう。私はWindowsとIPythonノートブック（％load_ext rmagic）でRpy2を見たいと思っていますが、それ以上これ以上時間を費やすことができませんでした。

7
Marcus Jones

Anacondaでは、次を使用してインストールできます。

conda install --channel https://conda.anaconda.org/Richarizardd rpy2

代わりに、試すことができます：

conda install -c r rpy2

参照することもできます：

https://github.com/conda-forge/rpy2-feedstock
2
Manoj Kumar

[〜＃〜] edit [〜＃〜]ようやく、なんとか動作させることができました!!!下記参照：

私はこれを機能させるために頭を叩いてきましたが、まだ完全に理解していません。私が見つけたのはエラーが

'sh'は、内部または外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチファイルとして認識されません

mingwとRtools（および他のUNIXのようなヘルパープログラム）が存在しないことが原因です。 （ http://sourceforge.net/p/rpy/mailman/message/26549197/ ）

Rtools（ http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ ）とmingw（ http://sourceforge.net/ projects/mingw-w64 / ）（しかし、sourceforge.netのmingw-w64プロジェクトがmingw-w64.orgに移動しているので、 mingw-w64.org ）を使用することをお勧めします

R.exe CMD config --ldflagsエラーに合格しましたが、行き詰まりました

TypeError：タイプ「NoneType」のオブジェクトにlen（）がありません

エラー。まだ解決策を探しています!!

これが誰かを助けてくれるといいのですが。

UPDATE：したがって、インストールに関連するいくつかの問題があるようです。 setup.pyはRの正しいバージョンを見つけることができず、コンパイラーに問題があります。

したがって、続行する方法：

  1. https://pypi.python.org/pypi/rpy2 からソースコードをダウンロードします。
  2. 環境変数を更新する-ユーザー変数
    • PATH：ur Rインストールへのパスを追加します。例：; C：\ Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64
    • R_HOME：Rへのパスを持つ新しい変数：C：\ Program Files\R\R-3.0.2
    • R_USER：johnなどのユーザー名
  3. Rtools（ http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ ）とmingw（ http://mingw-w64.org ）をインストールします

  4. 前の123行目あたり

    self._version = [3、0]を追加して、バージョンを3.0に強制しました（誰かがこれをよりよく解決できるかもしれません）

  5. Python27/lib/distutilsまたは私の場合はC：\ Users（user_name）\ AppData\Local\Continuum\Anaconda\Lib\distutilsコメント行227にあるファイルunixccompiler.py

コンパイラ= os.path.basename（sysconfig.get_config_var（ "CC"））と＃（#compiler = os.path.basename（sysconfig.get_config_var（ "CC"）））

と行を追加

コンパイラ= 'gcc'

その他いくつかのこと-インストールにはコマンドプロンプトcmdを使用します。使用する

python setup.py build install

すべてのデフォルトを受け入れて、Rtoolsとmingwをインストールします。 Rtoolsで、

64ビットRをビルドするための追加

そして

システムPATHを編集する

それでおしまい！！うまくいきました。

お役に立てれば！！

2
Atesh

誰かがまだ議論をフォローしているかどうかはわかりませんが、いずれにしても、rpy2を機能させるための私の目的は、Ipythonノートブックでrpy2を機能させることでした。他の誰かが同じことをしようとしている場合は、ケーキ（よくできたケーキ）としてスムーズにインストールされるIRkernelを使用することをお勧めします。これを実現するためのリソースを以下に示します。私はそれを使いました、そしてそれは魅力のように働きます。

基本的にあなたが実行する必要があるのはこれです：

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

IRkernel::installspec()

問題が見つかった場合のリソースは次のとおりです。

https://github.com/IRkernel/IRkernel

http://blog.revolutionanalytics.com/2015/09/using-r-with-jupyter-notebooks.html

http://www.michaelpacer.com/maths/r-kernel-for-ipython-notebook

HTH

1
Atesh

インストールスクリプトsetup.pyは、実行中に問題が発生したことを通知しています

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

ターミナルを開き、そのコマンドを貼り付け、エラーが何であるかを確認します。

出力で質問を編集したときの問題は、そのコマンドをpython setup.py installからサブプロセスとして実行しているときに、端末からコマンドを実行しているときに空の文字列が返されることです。ターミナルからの出力から、cygwinが関係していることも読んでいます。これが問題なのでしょうか？

1
lgautier

上記の答えに続いて、これは私のために働くものです

システム：Win 7-64、Python 3.6、

1. Rと必要なパッケージをインストールする

2. R_HOMEおよびR_USERを環境変数として設定します

R_HOME = D:\Program Files\R\R-3.4.1
R_USER = Administrator

ユーザー名はcmdのecho %username%で取得できます

3. rpy2をダウンロードしてインストールします

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ からrpy2をダウンロードします

そのパスを確認し、pip install rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_AMD64.whlのようにcmdにインストールします

4.ノートブックを作成し、機能するかどうかを確認します

import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')
1
cqcn1991

この問題について私が作成したこのインストールドキュメントを確認してください。 https://www.academia.edu/12178754/rpy2Install

ArcGISセットアップに固有のディレクトリですが、移植は簡単です

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Jason Matney