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`Reduce`関数を理解する

RのReduce関数について質問があります。そのドキュメントを読みましたが、まだ少し混乱しています。そのため、遺伝子名を持つ5つのベクターがあります。例えば：

v1 <- c("geneA","geneB",""...)
v2 <- c("geneA","geneC",""...)
v3 <- c("geneD","geneE",""...)
v4 <- c("geneA","geneE",""...)
v5 <- c("geneB","geneC",""...)

そして、少なくとも2つのベクターにどの遺伝子が存在するかを調べたいと思います。何人かの人々は提案した：

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e))

他のシナリオでReduceが使用されているのを見てきたので、誰かがこのステートメントがどのように機能するか説明していただければ幸いです。

rreduce
31
Johnathan

Reduceは、バイナリ関数とデータ項目のリストを取り、関数を再帰的にリスト要素に連続的に適用します。例えば：

Reduce(intersect,list(a,b,c))

と同じです

intersect((intersect(a,b),c)

ただし、allベクトルに共通の要素のみを返すため、ここでコンストラクトが役立つとは思いません。

遺伝子が出現するベクターの数を数えるには、次を実行できます。

vlist <- list(v1,v2,v3,v4,v5)
addmargins(table(gene=unlist(vlist), vec=rep(paste0("v",1:5),times=sapply(vlist,length))),2,list(Count=function(x) sum(x[x>0])))
       vec
gene    v1 v2 v3 v4 v5 Count
  geneA  1  1  0  1  0     3
  geneB  1  0  0  0  1     2
  geneC  0  1  0  0  1     2
  geneD  0  0  1  0  0     1
  geneE  0  0  1  1  0     2
33
James

seeReduce()が行うことの良い方法は、引数accumulate=TRUEで実行することです。 accumulate=TRUEの場合、xのリストの最初のn要素を処理した後、各要素がその状態を示すベクトルまたはリストを返します。 。次に例を示します。

Reduce(`*`, x=list(5,4,3,2), accumulate=TRUE)
# [1]   5  20  60 120

i2 <- seq(0,100,by=2)
i3 <- seq(0,100,by=3)
i5 <- seq(0,100,by=5)
Reduce(intersect, x=list(i2,i3,i5), accumulate=TRUE)
# [[1]]
#  [1]   0   2   4   6   8  10  12  14  16  18  20  22  24  26  28  30  32  34  36
# [20]  38  40  42  44  46  48  50  52  54  56  58  60  62  64  66  68  70  72  74
# [39]  76  78  80  82  84  86  88  90  92  94  96  98 100
# 
# [[2]]
#  [1]  0  6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 66 72 78 84 90 96
# 
# [[3]]
# [1]  0 30 60 90
27
Josh O'Brien

この答えの最後に与えられた入力値を仮定すると、式

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e))
## character(0)

少なくとも2つのベクターに存在する遺伝子ではなく、すべてのベクターに存在する遺伝子を提供します。その意味は：

intersect(intersect(intersect(intersect(a, b), c), d), e)
## character(0)

少なくとも2つのベクターに含まれる遺伝子が必要な場合：

L <- list(a, b, c, d, e)
u <- unlist(lapply(L, unique)) # or:  Reduce(c, lapply(L, unique))

tab <- table(u)
names(tab[tab > 1])
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE"

または

sort(unique(u[duplicated(u)]))
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE"

注：使用したもの：

a <- c("geneA","geneB")
b <- c("geneA","geneC")
c <- c("geneD","geneE")
d <- c("geneA","geneE")
e <- c("geneB","geneC")
7
G. Grothendieck