web-dev-qa-db-ja.com

エッジリストから重み付き隣接リスト/マトリックスを作成するにはどうすればよいですか？

私の問題は非常に単純です。エッジのリストから隣接リスト/行列を作成する必要があります。

Column1 = node1およびcolumn2 = node2のcsvドキュメントに保存されているエッジリストがあり、これを加重隣接リストまたは加重隣接行列に変換したいと思います。

より正確に言うと、データは次のようになります。ここで、番号は単にノードIDです。

node1,node2
551,548
510,512
548,553
505,504
510,512
552,543
512,510
512,510
551,548
548,543
543,547
543,548
548,543
548,542

これから加重隣接リスト/マトリックスへの変換を実現する方法に関するヒントはありますか？これは私が以前にそれを成功せずにやろうと決心した方法です（ Dai Shizuka の礼儀）：

dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE) # choose an edgelist in .csv file format
el=as.matrix(dat) # coerces the data into a two-column matrix format that igraph likes
el[,1]=as.character(el[,1])
el[,2]=as.character(el[,2])
g=graph.edgelist(el,directed=FALSE) # turns the edgelist into a 'graph object'

ありがとうございました！

rigraphadjacency-listadjacency-matrixsna
11
Milo

この応答はベースRのみを使用します。結果は、隣接行列を表すために使用される標準行列です。

 el  <- cbind(a=1:5, b=5:1) #edgelist (a=Origin, b=destination)
 mat <- matrix(0, 5, 5)
 mat[el] <- 1
 mat
 #    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
 #[1,]    0    0    0    0    1
 #[2,]    0    0    0    1    0
 #[3,]    0    0    1    0    0
 #[4,]    0    1    0    0    0
 #[5,]    1    0    0    0    0

ここで、matは、エッジリストelから定義された隣接行列です。これは、ベクトル1:5と5:1の単純なcbindです。

エッジリストに重みが含まれている場合は、少し異なるソリューションが必要です。

el <- cbind(a=1:5, b=5:1, c=c(3,1,2,1,1)) # edgelist (a=Origin, b=destination, c=weight)
mat<-matrix(0, 5, 5)
for(i in 1:NROW(el)) mat[ el[i,1], el[i,2] ] <- el[i,3]  # SEE UPDATE
mat
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
#[1,]    0    0    0    0    3
#[2,]    0    0    0    1    0
#[3,]    0    0    2    0    0
#[4,]    0    1    0    0    0
#[5,]    1    0    0    0    0

[〜＃〜] update [〜＃〜]

しばらくして、前の加重エッジリストの例のforループ（3行目）が不要であることに気付きました。次のベクトル化された操作に置き換えることができます。

mat[el[,1:2]] <- el[,3]
18
ndoogan

あなたが質問で言及した私のウェブサイトの投稿（ https://sites.google.com/site/daishizuka/toolkits/sna/sna_data ）はigraphパッケージを使用しているので、それがロードされていることを確認してください。

さらに、最近、igraphが、graph.data.frame（）を使用して、エッジリストから重み付き隣接行列を作成するはるかに簡単な方法を提供することに気付きました。私は自分のサイトでこれを更新しましたが、ここに簡単な例があります：

library(igraph)
el=matrix(c('a','b','c','d','a','d','a','b','c','d'),ncol=2,byrow=TRUE) #a sample edgelist
g=graph.data.frame(el)
get.adjacency(g,sparse=FALSE)

それはそれをする必要があります。 sparse = FALSE引数は、隣接行列に0を表示するように指示します。本当にigraphを使いたくないのなら、これは不格好な方法だと思います。

el=matrix(c('a','b','c','d','a','d','a','b','c','d'),ncol=2,byrow=TRUE) #a sample edgelist
lab=names(table(el)) #extract the existing node IDs
mat=matrix(0,nrow=length(lab),ncol=length(lab),dimnames=list(lab,lab)) #create a matrix of 0s with the node IDs as rows and columns
for (i in 1:nrow(el)) mat[el[i,1],el[i,2]]=mat[el[i,1],el[i,2]]+1 #for each row in the edgelist, find the appropriate cell in the empty matrix and add 1.
15
Dai Shizuka

データフレームのエッジから開始し、igraphを使用して隣接行列を取得します。

頭（エッジ）

  node1 node2
1   551   548
2   510   512
3   548   553
4   505   504
5   510   512
6   552   543

library(igraph)
as.matrix(get.adjacency(graph.data.frame(edges)))

    551 510 548 505 552 512 543 553 504 547 542
551   0   0   2   0   0   0   0   0   0   0   0
510   0   0   0   0   0   2   0   0   0   0   0
548   0   0   0   0   0   0   2   1   0   0   1
505   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0
552   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
512   0   2   0   0   0   0   0   0   0   0   0
543   0   0   1   0   0   0   0   0   0   1   0
553   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
504   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
547   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
542   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
5
Sandipan Dey

qdapToolsパッケージの別の可能性：

library(qdapTools)

el[rep(seq_len(nrow(el)), el[,'c']), c('a', 'b')] %>%
    {split(.[,'b'], .[,'a'])} %>%
    mtabulate()

##   1 2 3 4 5
## 1 0 0 0 0 3
## 2 0 0 0 1 0
## 3 0 0 2 0 0
## 4 0 1 0 0 0
## 5 1 0 0 0 0
0
Tyler Rinker