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エラーバーを追加して、Rのプロットに標準偏差を表示します

各X- valueについて、平均Y- valueと各Y値の標準偏差（sd）を計算しました

x  = 1:5
y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4)

plot (x, y)

標準偏差を使用して、プロットの各データポイントにエラーバーを追加するにはどうすればよいですか？

rplotstatisticsstandard-deviationerrorbar
30
John Garreth

対数X軸がある場合、csgillespieソリューションの問題が表示されます。右側と左側で小さなバーの長さが異なります（イプシロンはx値に従います）。

errbarパッケージのHmisc関数を使用することをお勧めします。

d = data.frame(
  x  = c(1:5)
  , y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
  , sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4)
)

##install.packages("Hmisc", dependencies=T)
library("Hmisc")

# add error bars (without adjusting yrange)
plot(d$x, d$y, type="n")
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1)
)

# new plot (adjusts Yrange automatically)
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x")
)
18
R_User

ggplot2を使用したソリューション：

qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25)

enter image description here

29
juba

@csgillespieの答えに加えて、segmentsもベクトル化され、この種のことを支援します。

plot (x, y, ylim=c(0,6))
segments(x,y-sd,x,y+sd)
epsilon <- 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

enter image description here

22
thelatemail

arrowsを使用できます：

arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)
21
SmartCH

segmentsを使用して、ベースグラフィックにバーを追加できます。ここでepsilonは、行の上下を横切る行を制御します。

plot (x, y, ylim=c(0, 6))
epsilon = 0.02
for(i in 1:5) {
    up = y[i] + sd[i]
    low = y[i] - sd[i]
    segments(x[i],low , x[i], up)
    segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up)
    segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low)
}

@thelatemailが指摘しているように、私は実際にベクトル化された関数呼び出しを使用すべきでした。

segments(x, y-sd,x, y+sd)
epsilon = 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

enter image description here

20
csgillespie