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キャレット-調整パラメーターグリッドには列mtryが必要です

私はこのコードを使用しています：

    mtry <- round(sqrt(18), 0)

gbmGrid <- expand.grid(
              interaction.depth = c(1, 2, 3, 4, 5, 6)
            , n.trees = seq(10, 10000, by = 100)
            , shrinkage = 0.01
            , n.minobsinnode = c(5, 10, 20, 30)
            , distribution = 'gaussian'
            , method = 'gbm'
            , mtry = mtry
    )

    fitControl <- trainControl(
                method = "repeatedcv"
                , number = 2
                , repeats = 3
        )

    gbmFit1 <- train(

                     Y ~

                      X1
                    + X2

                    , data = Train

                    , trControl = fitControl
                    , tuneGrid = gbmGrid
                    , verbose = FALSE
        )

しかし得る：

The tuning parameter grid should have columns mtry

一部の人がこれを提案し、.mtryも使用してみたので、最新のパッケージをインストールしました。何か案は？ （はい私はググってSOを見ました）

rr-caret
8
cs0815

基本（アイリス）に戻しました。これは機能します-gbmの既存のmtryが問題でした：

library(datasets)
library(gbm)
library(caret)

grid <- expand.grid(
                n.trees = seq(10, 1000, by = 100)
            , interaction.depth = c(4)
            , shrinkage = c(0.01, 0.1)
            , n.minobsinnode = c(5, 10, 20, 30)        
    )

train_control <- trainControl(
                    method = "repeatedcv"
                    , number = 10
                    , repeats = 10
    )

model <- train(Petal.Width ~ Petal.Length
                        , method = 'gbm'
                        , distribution = 'gaussian'
                        , data = iris
                        , trControl = train_control
                        , tuneGrid = grid
                        , verbose = FALSE
    )

model

あなたの時間を無駄にしてすみません！

2
cs0815

caretのバージョン> = 6.0-81では、このタイプのケースのエラーメッセージはより明確です。例として、mtryが指定されたメソッドのパラメーターではない場合、チューニンググリッドでmtryを提供することを検討します。

caret <6.0-81では、次のエラーが発生します。

# Error: The tuning parameter grid should have columns mtry

caret> = 6.0-81では、次のエラーが発生します。

# Error: The tuning parameter grid should not have columns mtry

元の紛らわしいエラーメッセージの再現

そして、ここに、改善されたエラーメッセージを示す再現可能な例があります。

キャレット<6.0-81

library(caret)
getNamespaceVersion("caret")
## version 
## "6.0-80"

mtry <- round(sqrt(18), 0)
gbmGrid <- expand.grid(
    interaction.depth = c(1, 2, 3, 4, 5, 6)
    , n.trees = seq(10, 10000, by = 100)
    , shrinkage = 0.01
    , n.minobsinnode = c(5, 10, 20, 30)
    , distribution = 'gaussian'
    , method = 'gbm'
    , mtry = mtry
)
fitControl <- trainControl(
    method = "repeatedcv"
    , number = 2
    , repeats = 3
)
gbmFit1 <- train(
    Species ~ Sepal.Length + Sepal.Width
    , data = iris
    , trControl = fitControl
    , tuneGrid = gbmGrid
    , verbose = FALSE
)
# Error: The tuning parameter grid should have columns mtry

キャレット> = 6.0-81

library(caret)
getNamespaceVersion("caret")
## version 
## "6.0-81"

mtry <- round(sqrt(18), 0)
gbmGrid <- expand.grid(
    interaction.depth = c(1, 2, 3, 4, 5, 6)
    , n.trees = seq(10, 10000, by = 100)
    , shrinkage = 0.01
    , n.minobsinnode = c(5, 10, 20, 30)
    , distribution = 'gaussian'
    , method = 'gbm'
    , mtry = mtry
)
fitControl <- trainControl(
    method = "repeatedcv"
    , number = 2
    , repeats = 3
)
gbmFit1 <- train(
    Species ~ Sepal.Length + Sepal.Width
    , data = iris
    , trControl = fitControl
    , tuneGrid = gbmGrid
    , verbose = FALSE
)
# Error: The tuning parameter grid should not have columns mtry

詳細については、この動作を説明して修正したGitHubの問題を参照してください。 https://github.com/topepo/caret/issues/955

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jmuhlenkamp