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パッケージをインストールせずにRパッケージの依存関係を一覧表示する

パッケージとその依存関係をインストールせずに、特定のパッケージのRパッケージの依存関係（すべての再帰的な依存関係）のリストを取得する簡単な方法はありますか？ portupgradeまたはaptでの偽のインストールに似たもの。

rversion-controldependenciespackages
29
Jonathan Lisic

available.packages関数の結果を使用できます。たとえば、ggplot2が何に依存しているかを確認するには：

pack <- available.packages()
pack["ggplot2","Depends"]

これは：

[1] "R (>= 2.14), stats, methods"

達成したいことによっては、Importsフィールドもチェックする必要があることに注意してください。

31
juba

Rをインストールしていないので、会社での使用を要求されているRパッケージのリストに依存しているRパッケージを見つける必要がありました。

ファイル内のRパッケージのリストを反復処理し、依存関係を再帰的に検出するbashスクリプトを作成しました。

スクリプトは、rinput_orig.txtという名前のファイルを入力として使用します（以下の例）。スクリプトは、動作中にrinput.txtという名前のファイルを作成します。

スクリプトは次のファイルを作成します。

  • rdepsfound.txt-依存関係にあるRパッケージを含む検出された依存関係を一覧表示します（以下の例）。
  • routput.txt-すべてのRパッケージを（元のリストと依存関係のリストから）ライセンスとCRAN URL（以下の例）とともに一覧表示します。
  • r404.txt-カールしようとしたときに404を受信したRパッケージのリスト。これは、元のリストにタイプミスがある場合に便利です。

Bashスクリプト：

#!/bin/bash

# CLEANUP
rm routput.txt
rm rdepsfound.txt
rm r404.txt

# COPY ORIGINAL INPUT TO WORKING INPUT
cp rinput_orig.txt rinput.txt

IFS=","
while read PACKAGE; do
    echo Processing $PACKAGE...

    PACKAGEURL="http://cran.r-project.org/web/packages/${PACKAGE}/index.html"

    if [ `curl -o /dev/null --silent --head --write-out '%{http_code}\n' ${PACKAGEURL}` != 404 ]; then
        # GET LICENSE INFO OF PACKAGE
        LICENSEINFO=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "License:" | grep -v "License:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}' | sed "s/|/,/g" | sed "s/+/,/g")
        for x in ${LICENSEINFO[*]}
        do
            # SAVE LICENSE
            LICENSE=$(echo ${x} | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}')
            break
        done

        # WRITE PACKAGE AND LICENSE TO OUTPUT FILE
        echo $PACKAGE $LICENSE $PACKAGEURL >> routput.txt

        # GET DEPENDENCIES OF PACKAGE
        DEPS=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "Depends:" | grep -v "Depends:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}')
        for x in ${DEPS[*]}
        do
            FOUNDDEP=$(echo "${x}" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}' | sed "s/<\/span>//g")
            if [ "$FOUNDDEP" != "" ]; then
                echo Found dependency $FOUNDDEP for $PACKAGE...
                grep $FOUNDDEP rinput.txt > /dev/null
                if [ "$?" = "0" ]; then
                    echo $FOUNDDEP already exists in package list...
                else
                    echo Adding $FOUNDDEP to package list...
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY BACK TO INPUT LIST
                    echo $FOUNDDEP >> rinput.txt
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY TO DEPENDENCY LIST FOR EASY VIEWING OF ALL FOUND DEPENDENCIES
                    echo $FOUNDDEP is a dependency of $PACKAGE >> rdepsfound.txt
                fi
            fi
        done
    else
        echo Skipping $PACKAGE because 404 was received...
        echo $PACKAGE $PACKAGEURL >> r404.txt
    fi

done < rinput.txt
echo -e "\nRESULT:"
sort -u routput.txt

例rinput_orig.txt：

shiny
rmarkdown
xtable
RODBC
RJDBC
XLConnect
openxlsx
xlsx
Rcpp

スクリプト実行時のコンソール出力の例：

Processing shiny...
Processing rmarkdown...
Processing xtable...
Processing RODBC...
Processing RJDBC...
Found dependency DBI for RJDBC...
Adding DBI to package list...
Found dependency rJava for RJDBC...
Adding rJava to package list...
Processing XLConnect...
Found dependency XLConnectJars for XLConnect...
Adding XLConnectJars to package list...
Processing openxlsx...
Processing xlsx...
Found dependency rJava for xlsx...
rJava already exists in package list...
Found dependency xlsxjars for xlsx...
Adding xlsxjars to package list...
Processing Rcpp...
Processing DBI...
Processing rJava...
Processing XLConnectJars...
Processing xlsxjars...
Found dependency rJava for xlsxjars...
rJava already exists in package list...

rdepsfound.txtの例：

DBI is a dependency of RJDBC
rJava is a dependency of RJDBC
XLConnectJars is a dependency of XLConnect
xlsxjars is a dependency of xlsx

routput.txtの例：

shiny GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
rmarkdown GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/index.html
xtable GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
RODBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
RJDBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/index.html
XLConnect GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnect/index.html
openxlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/index.html
xlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsx/index.html
Rcpp GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html
DBI LGPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/DBI/index.html
rJava GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/index.html
XLConnectJars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnectJars/index.html
xlsxjars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsxjars/index.html

これが誰かに役立つことを願っています！

7
Jesse

もう1つのきちんとした単純な解決策は、ライブラリrecursivePackageDependenciesの内部関数Packratです。ただし、パッケージはマシンのsomeライブラリにインストールする必要があります。利点は、自作の非CRANパッケージでも機能することです。例：

Packrat:::recursivePackageDependencies("ggplot2",lib.loc = .libPaths()[1])

与える：

 [1] "R6"           "RColorBrewer" "Rcpp"         "colorspace"   "dichromat"    "digest"       "gtable"      
 [8] "labeling"     "lazyeval"     "magrittr"     "munsell"      "plyr"         "reshape2"     "rlang"       
 [15] "scales"       "stringi"      "stringr"      "tibble"       "viridisLite"
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zerweck