以下のリストがあります。ペアと遺伝子の2つの変数が含まれています。 pair
の包含は、常に2つの文字列を持つベクトルです。また、変数genes
は、複数の値を含むことができるベクトルです。
lol <- list(structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Pulmonary"), genes = "PRR11"), .Names = c("pair",
"genes")), structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Umbilical"),
genes = "GNB2L1"), .Names = c("pair", "genes")), structure(list(
pair = c("Pulmonary", "Umbilical"), genes = "ATP1B1"), .Names = c("pair",
"genes")))
lol
#> [[1]]
#> [[1]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Pulmonary"
#>
#> [[1]]$genes
#> [1] "PRR11"
#>
#>
#> [[2]]
#> [[2]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Umbilical"
#>
#> [[2]]$genes
#> [1] "GNB2L1"
#>
#>
#> [[3]]
#> [[3]]$pair
#> [1] "Pulmonary" "Umbilical"
#>
#> [[3]]$genes
#> [1] "ATP1B1"
どうすればこのデータフレームに変換できますか?
pair1 pair2 genes_vec
BoneMarrow Pulmonary PRR11
BoneMarrow Umbilical GNB2L1
Pulmonary Umbilical ATP1B1
genes
変数は単一の文字列ではなくベクトルであることに注意してください。
私の最善の努力はこれが私が欲しいものを与えないものです:
> do.call(rbind, lapply(lol, data.frame, stringsAsFactors=FALSE))
pair genes
1 BoneMarrow PRR11
2 Pulmonary PRR11
3 BoneMarrow GNB2L1
4 Umbilical GNB2L1
5 Pulmonary ATP1B1
6 Umbilical ATP1B1
更新:
genes
のベクターコンテンツを表示する新しい例
lol2 <- list(structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Pulmonary"), genes = c("GNB2L1",
"PRR11")), .Names = c("pair", "genes")), structure(list(pair = c("BoneMarrow",
"Umbilical"), genes = "GNB2L1"), .Names = c("pair", "genes")),
structure(list(pair = c("Pulmonary", "Umbilical"), genes = "ATP1B1"), .Names = c("pair",
"genes")))
lol2
#> [[1]]
#> [[1]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Pulmonary"
#>
#> [[1]]$genes
#> [1] "GNB2L1" "PRR11"
#>
#>
#> [[2]]
#> [[2]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Umbilical"
#>
#> [[2]]$genes
#> [1] "GNB2L1"
#>
#>
#> [[3]]
#> [[3]]$pair
#> [1] "Pulmonary" "Umbilical"
#>
#> [[3]]$genes
#> [1] "ATP1B1"
予想される出力は次のとおりです。
pair1 pair2 genes_vec
BoneMarrow Pulmonary PRR11,GNB2L1
BoneMarrow Umbilical GNB2L1
Pulmonary Umbilical ATP1B1
tidyverse
を使用すると、purrr
を使用して
_library(dplyr)
library(purrr)
tibble(
pair = map(lol, "pair"),
genes_vec = map_chr(lol, "genes")
) %>%
mutate(
pair1 = map_chr(pair, 1),
pair2 = map_chr(pair, 2)
) %>%
select(pair1, pair2, genes_vec)
#> # A tibble: 3 x 3
#> pair1 pair2 genes_vec
#> <chr> <chr> <chr>
#> 1 BoneMarrow Pulmonary PRR11
#> 2 BoneMarrow Umbilical GNB2L1
#> 3 Pulmonary Umbilical ATP1B1
_
2番目の例では、ネストされたデータフレームをリスト列で保持したいので、map_chr(lol, "genes")
をmap(lol2, "genes")
に置き換えます。
_tibble(
pair = map(lol2, "pair"),
genes_vec = map(lol2, "genes")
) %>%
mutate(
pair1 = map_chr(pair, 1),
pair2 = map_chr(pair, 2)
) %>%
select(pair1, pair2, genes_vec)
#> # A tibble: 3 x 3
#> pair1 pair2 genes_vec
#> <chr> <chr> <list>
#> 1 BoneMarrow Pulmonary <chr [2]>
#> 2 BoneMarrow Umbilical <chr [1]>
#> 3 Pulmonary Umbilical <chr [1]>
_
そして、より一般的なアプローチは、ネストされたチブルを操作し、必要に応じてネストを解除することです
_library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)
tab1 <-lol %>%
transpose() %>%
as_tibble() %>%
mutate(pair = map(pair, ~as_tibble(t(.x)))) %>%
mutate(pair = map(pair, ~set_names(.x, c("pair1", "pair2"))))
tab1
#> # A tibble: 3 x 2
#> pair genes
#> <list> <list>
#> 1 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 2 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 3 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
_
_lol2
_の場合、_lol2
_ではなく_lol1
_リストでない限り、何も変更されません。
_tab2 <- lol2 %>%
transpose() %>%
as_tibble() %>%
mutate(pair = map(pair, ~as_tibble(t(.x)))) %>%
mutate(pair = map(pair, ~set_names(.x, c("pair1", "pair2"))))
tab2
#> # A tibble: 3 x 2
#> pair genes
#> <list> <list>
#> 1 <tibble [1 x 2]> <chr [2]>
#> 2 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 3 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
_
次に、必要な列をネスト解除できます
_tab1 %>%
unnest()
#> # A tibble: 3 x 3
#> genes pair1 pair2
#> <chr> <chr> <chr>
#> 1 PRR11 BoneMarrow Pulmonary
#> 2 GNB2L1 BoneMarrow Umbilical
#> 3 ATP1B1 Pulmonary Umbilical
tab2 %>%
unnest(pair)
#> # A tibble: 3 x 3
#> genes pair1 pair2
#> <list> <chr> <chr>
#> 1 <chr [2]> BoneMarrow Pulmonary
#> 2 <chr [1]> BoneMarrow Umbilical
#> 3 <chr [1]> Pulmonary Umbilical
_
編集:ベクトルlol2で動作するように更新されました。
多分このように:
as.data.frame(do.call(rbind,lapply(lol2, function(x) {c(unlist(x[1]),gene=paste(unlist(x[2]),collapse=","))})),stringsAsFactors = F)
pair1 pair2 genes
1 BoneMarrow Pulmonary GNB2L1, PRR11
2 BoneMarrow Umbilical GNB2L1
3 Pulmonary Umbilical ATP1B1
> lol1 <- data.frame(t(sapply(lol,c)))
> as.data.frame(t(apply(lol1, 1, unlist)))
pair1 pair2 genes
1 BoneMarrow Pulmonary PRR11
2 BoneMarrow Umbilical GNB2L1
3 Pulmonary Umbilical ATP1B1
これはうまくいくはずです:
data.frame(do.call(rbind,lol2))
data.frame(do.call(rbind,lol2))
pair genes
1 BoneMarrow, Pulmonary GNB2L1, PRR11
2 BoneMarrow, Umbilical GNB2L1
3 Pulmonary, Umbilical ATP1B1
遺伝子をベクトルとして扱うのと同じ方法は、ペアをベクトルとして扱うのと同じ方法です。ペア1と2の代わりに、両方を使用します。