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不足しているパッケージをチェックしてインストールするエレガントな方法は？

私は最近、共著者と多くのコードを共有しているようです。それらの多くは初心者/中級のRユーザーであり、まだ持っていないパッケージをインストールする必要があることを認識していません。

installed.packages()を呼び出すエレガントな方法はありますか？それをロードしてインストールしているものと比較してください。

rpackagesr-faq
286
Maiasaura

はい。パッケージのリストがある場合は、installed.packages()[,"Package"]からの出力と比較して、不足しているパッケージをインストールします。このようなもの：

list.of.packages <- c("ggplot2", "Rcpp")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

さもないと：

コードをパッケージに入れて依存関係を作成すると、パッケージのインストール時にコードが自動的にインストールされます。

246
Shane

Dason K.と私にはpacmanパッケージがあり、これをうまく行うことができます。パッケージ内の関数p_loadがこれを行います。最初の行は、pacmanがインストールされていることを確認するためのものです。

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
189
Tyler Rinker

requireの戻り値のみを使用できます。

if(!require(somepackage)){
    install.packages("somepackage")
    library(somepackage)
}

インストール後にlibraryを使用します。これは、インストールが成功しなかった場合、または他の理由でパッケージをロードできない場合に例外がスローされるためです。これをより堅牢で再利用可能にします。

dynamic_require <- function(package){
  if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return True

  install.packages(package)
  return eval(parse(text=paste("require(",package,")")))
}

このメソッドの欠点は、パッケージ名を引用符で渡す必要があることです。実際のrequireに対しては行いません。

56
Livius

このソリューションは、パッケージ名の文字ベクトルを使用してそれらをロードしようとしますが、ロードが失敗した場合はインストールします。これを行うには、requireの戻り動作に依存しています...

requireは、必要なパッケージが利用可能かどうかを示す論理を（目に見えないように）返します

したがって、必要なパッケージをロードできたかどうかを簡単に確認でき、ロードできなかった場合は依存関係を付けてインストールできます。ロードしたいパッケージの文字ベクトルが与えられたら...

foo <- function(x){
  for( i in x ){
    #  require returns TRUE invisibly if it was able to load package
    if( ! require( i , character.only = TRUE ) ){
      #  If package was not able to be loaded then re-install
      install.packages( i , dependencies = TRUE )
      #  Load package after installing
      require( i , character.only = TRUE )
    }
  }
}

#  Then try/install packages...
foo( c("ggplot2" , "reshape2" , "data.table" ) )
17
Simon O'Hanlon

Shaneの答えは本当に良いのですが、私のプロジェクトの1つでは、出力メッセージ、警告を削除し、パッケージをインストールする必要がありましたautomagically。私はついにこのスクリプトを手に入れることができました。

InstalledPackage <- function(package) 
{
    available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
    missing <- package[!available]
    if (length(missing) > 0) return(FALSE)
    return(TRUE)
}

CRANChoosen <- function()
{
    return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}

UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org") 
{
    if(!InstalledPackage(package))
    {
        if(!CRANChoosen())
        {       
            chooseCRANmirror()
            if(!CRANChoosen())
            {
                options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
            }
        }

        suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
        if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
    }
    return(TRUE)
}

つかいます：

libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries) 
{ 
    if(!UsePackage(library))
    {
        stop("Error!", library)
    }
}
15
Juan Antonio Cano
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')

「ggplot2」はパッケージです。パッケージがインストールされているかどうかを確認し、インストールされていない場合はインストールします。次に、どのブランチを使用したかに関係なく、パッケージをロードします。

13
user6784955

上記の回答（およびこの質問の重複）の多くは、悪い形式であるinstalled.packagesに依存しています。ドキュメントから：

何千ものパッケージがインストールされている場合、これは遅くなる可能性があるため、名前付きパッケージがインストールされているかどうかを確認したり（system.fileまたはfind.packageを使用）、パッケージが使用可能かどうかを確認したり（requireを呼び出して戻り値）または少数のパッケージの詳細を検索することもできません（packageDescriptionを使用）。インストールされたパッケージごとにいくつかのファイルを読み取る必要がありますが、Windowsおよび一部のネットワークマウントファイルシステムでは時間がかかります。

したがって、より良いアプローチは、requireを使用してパッケージをロードし、ロードが失敗した場合にインストールを試みることです（見つからない場合、requireはFALSEを返します）。私はこの実装を好む：

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    if(length(need)>0){ 
        install.packages(need)
        lapply(need,require,character.only=TRUE)
    }
}

次のように使用できます。

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")

これにより、すべてのパッケージがロードされ、戻ってすべての欠落パッケージがインストールされます（必要に応じて、ユーザーがパッケージをインストールするかどうかを尋ねるプロンプトを挿入するのに便利です）。パッケージごとにinstall.packagesを個別に呼び出す代わりに、アンインストールされたパッケージのベクター全体を一度だけ渡します。

同じ機能がありますが、ユーザーが不足しているパッケージをインストールするかどうかを尋ねるウィンドウダイアログがあります

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    n<-length(need)
    if(n>0){
        libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
        print(libsmsg)
        if(n>1){
            libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
        }
        libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
        if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){       
            install.packages(need)
            lapply(need,require,character.only=TRUE)
        }
    }
}
13
Matthew
# List of packages for session
.packages = c("ggplot2", "plyr", "rms")

# Install CRAN packages (if not already installed)
.inst <- .packages %in% installed.packages()
if(length(.packages[!.inst]) > 0) install.packages(.packages[!.inst])

# Load packages into session 
lapply(.packages, require, character.only=TRUE)
8
Brian Spiering

これが rbundler package ：の目的であり、特定のプロジェクト用にインストールされるパッケージを制御する方法を提供します。現在、パッケージはdevtools機能と連携して、プロジェクトのディレクトリにパッケージをインストールします。機能は、Rubyの bundler に似ています。

プロジェクトがパッケージの場合（推奨）、rbundlerをロードしてパッケージをバンドルするだけです。 bundle関数は、パッケージのDESCRIPTIONファイルを見て、バンドルするパッケージを決定します。

library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")

これで、パッケージが.Rbundleディレクトリにインストールされます。

プロジェクトがパッケージではない場合、インストールするパッケージをリストするDependsフィールド（オプションのバージョン情報付き）を使用してプロジェクトのルートディレクトリにDESCRIPTIONファイルを作成することで、それを偽造できます。

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet

貢献に興味がある場合のプロジェクトのgithubリポジトリは次のとおりです。 rbundler 。

6
Erik Shilts

はい。

「インストール済みパッケージ」と「希望するパッケージ」を比較する必要があります。これは、 CRANberries で行うことに非常に近いものです。「保存済みの既知のパッケージ」と「現在の既知のパッケージ」を比較して、新しいパッケージや更新されたパッケージを判断する必要があるからです。

のようなことをする

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"]))   # available t repos[i]

すべての既知のパッケージを取得するには、現在インストールされているパッケージを同様に呼び出して、それを特定のターゲットパッケージのセットと比較します。

5
Dirk Eddelbuettel

次の単純な関数は、チャームのように機能します。

  usePackage<-function(p){
      # load a package if installed, else load after installation.
      # Args:
      #   p: package name in quotes

      if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){
        print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...'))
        install.packages(p, dep = TRUE)}
      print(paste('Loading Package :',p))
      require(p, character.only = TRUE)  
    }

（私のものではなく、しばらく前にウェブ上でこれを見つけて、それ以来それを使用していた。元のソースがわからない）

4
Anish Sugathan

Packratを使用して、共有ライブラリがまったく同じであり、他の環境を変更しないようにします。

優雅さとベストプラクティスの観点から、私はあなたが根本的に間違ったやり方で進んでいると思います。パッケージPackratはこれらの問題のために設計されました。これは、Hadley WickhamによるRStudioによって開発されました。依存関係をインストールし、おそらく誰かの環境を台無しにする代わりに、Packratは独自のディレクトリを使用して、プログラムにすべての依存関係をインストールし、誰かの環境に影響を与えません。

Packratは、Rの依存関係管理システムです。

Rパッケージの依存関係はイライラする可能性があります。他の人のコードを機能させるためにインストールする必要があるRパッケージを把握するために試行錯誤を使用する必要があり、それらのパッケージが永久にグローバルにインストールされたままになったことがあります。 ？更新されたパッケージが別のプロジェクトのコードの動作を停止させることを見つけるためだけに、パッケージを更新して、プロジェクトの1つでコードを機能させることがありますか？

これらの問題を解決するために、Packratを構築しました。 Packratを使用して、Rプロジェクトをさらに作成します。

  • 分離：1つのプロジェクトに新しいパッケージまたは更新されたパッケージをインストールしても、他のプロジェクトが中断されることはありません。これは、Packratが各プロジェクトに独自のプライベートパッケージライブラリを提供するためです。
  • ポータブル：異なるプラットフォーム間でも、あるコンピューターから別のコンピューターにプロジェクトを簡単に転送できます。 Packratを使用すると、プロジェクトが依存するパッケージを簡単にインストールできます。
  • 再現性：Packratは依存するパッケージの正確なバージョンを記録し、それらの正確なバージョンがどこにでもインストールされることを保証します。

https://rstudio.github.io/Packrat/

4
mtelesha

setdiff関数を使用して、インストールされていないパッケージを取得し、インストールするだけです。以下のサンプルでは、​​インストールする前にggplot2およびRcppパッケージがインストールされているかどうかを確認します。

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)

1行で、上記は次のように記述できます。

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))
4
Alex Essilfie

require("<package>")がpackage not foundエラーで終了する場合、次の関数を使用してパッケージをインストールします。不足しているパッケージのCRANおよびBioconductorリポジトリの両方を照会します。

Joshua Wileyによるオリジナルの作品から改作された http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html

install.packages.auto <- function(x) { 
  x <- as.character(substitute(x)) 
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else { 
    #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
  }
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else {
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  }
}

例：

install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN

PS：update.packages(ask = FALSE)＆biocLite(character(), ask=FALSE)は、システムにインストールされているすべてのパッケージを更新します。これには長い時間がかかり、完全なRアップグレードと見なすことができますが、これは常に保証されるわけではありません！

4
Samir

必要なRパッケージをサイレントにインストールおよびロードする機能を実装しました。希望が役立つかもしれません。コードは次のとおりです。

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);
3
Pratik Patil

「まだ持っていないライブラリをインストールする」という主な目的について、また「instllaed.packages（）」の使用に関係なく。次の関数は、requireの元の関数をマスクします。指定されたパッケージ「x」をロードしてチェックしようとします。インストールされていない場合は、依存関係を含めて直接インストールします。最後に正常にロードします。整合性を維持するために、関数名を「require」から「library」に変更します。唯一の制限は、パッケージ名を引用する必要があることです。

require <- function(x) { 
  if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
  install.packages(x, dep = TRUE) ; 
  base::require(x, character.only = TRUE)
  } 
}

したがって、Rの古い方法でパッケージをロードしてインストールできます。require（ "ggplot2"）require（ "Rcpp"）

2
GeoObserver

Lapplyファミリと匿名関数アプローチを使用すると、次のことができます。

  1. リストされているすべてのパッケージを添付してみてください。
  2. 欠落しているだけをインストールします（||遅延評価を使用）。
  3. ステップ1で欠落し、ステップ2でインストールされていたものを再度接続しようとします。

  4. 各パッケージの最終ロードステータス（TRUE/FALSE）を出力します。

    req <- substitute(require(x, character.only = TRUE))
lbs <- c("plyr", "psych", "tm")
sapply(lbs, function(x) eval(req) || {install.packages(x); eval(req)})

plyr psych    tm 
TRUE  TRUE  TRUE
2
Georgie Shimanovsky

非常に基本的なもの。

pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)
2
jangorecki

私が使用するものに貢献すると思った：

testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())    
install.packages(package)}
testin("packagename")
2
Ben

パッケージがインストールされているかどうか、依存関係が更新されているかどうかをチェックし、パッケージをロードする以下を使用します。

p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
  update.packages(ask=F)
  install.packages(pack,dependencies=T)
}
 require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}

completeFun <- function(data, desiredCols) {
  completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
  return(data[completeVec, ])
}
1
metasequoia

プレビューとしてすでに利用可能なRStudioの次期バージョン（1.2）には、library()およびrequire()呼び出しで不足しているパッケージを検出し、それらをインストールするようユーザーに促す機能が含まれます。

欠落しているRパッケージを検出する

多くのRスクリプトは、library()およびrequire()を呼び出して開き、実行に必要なパッケージをロードします。インストールしていないパッケージを参照するRスクリプトを開くと、RStudioは必要なすべてのパッケージをワンクリックでインストールするようになります。エラーがなくなるまでinstall.packages()を繰り返し入力する必要はありません！
https://blog.rstudio.com/2018/11/19/rstudio-1-2-preview-the-little-things/

これは、OPの当初の懸念に特にうまく対処しているようです。

それらの多くは初心者/中級のRユーザーであり、まだ持っていないパッケージをインストールする必要があることを認識していません。

1
Aurèle

私のコードは次のとおりです。

packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra")
package_loader <- function(x){
    for (i in 1:length(x)){
        if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){
            install.packages(x[i], dep = TRUE)
        } else {
            require(x[i], character.only = TRUE)
        }
    }
}
package_loader(packages)
1
Edward Tyler
library <- function(x){
  x = toString(substitute(x))
if(!require(x,character.only=TRUE)){
  install.packages(x)
  base::library(x,character.only=TRUE)
}}

これは、引用符で囲まれていないパッケージ名で動作し、かなりエレガントです（GeoObserverの答えを参照）

1
s n
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")
1
Shicheng Guo
 48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
 49 {
 50     #
 51     # convert arguments to vector
 52     #
 53     packages <- c(package1, ...)
 54     #
 55     # check if loaded and installed
 56     #
 57     loaded        <- packages %in% (.packages())
 58     names(loaded) <- packages
 59     #
 60     installed        <- packages %in% rownames(installed.packages())
 61     names(installed) <- packages
 62     #
 63     # start loop to determine if each package is installed
 64     #
 65     load_it <- function (p, loaded, installed)
 66     {
 67         if (loaded[p])
 68         {
 69             print(paste(p, "loaded"))
 70         }
 71         else
 72         {
 73             print(paste(p, "not loaded"))
 74             if (installed[p])
 75             {
 76                 print(paste(p, "installed"))
 77                 do.call("library", list(p))
 78             }
 79             else
 80             {
 81                 print(paste(p, "not installed"))
 82                 install.packages(p)
 83                 do.call("library", list(p))
 84             }
 85         }
 86     }
 87     #
 88     lapply(packages, load_it, loaded, installed)
 89 }
1
ruemorgue

私の場合、コマンドラインから（実際にはMakefileを介して）実行できる1つのライナーが必要でした。 「VGAM」と「feather」がインストールされていない場合のインストール例は次のとおりです。

R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'

R内からは次のようになります。

for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")

次の点を除いて、ここには以前のソリューション以外に何もありません

  • 私はそれを一行に保ちます
  • repos パラメーターをハードコーディングします（使用するミラーについてポップアップが表示されるのを防ぐため）
  • 他の場所で使用する関数を定義する必要はありません

また、重要なcharacter.only=TRUEに注意してください（これがないと、 require はパッケージpをロードしようとします）。

0
user3780389