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有意なレベルで箱ひげ図を描く方法は？

少し前に、boxplot Link1 の描画について質問しました。

3つの異なるグループ（またはラベル）のデータがあります ここからダウンロードしてください 。以下のRコードを使用して箱ひげ図を取得できます

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

ここでは、箱ひげ図の上に重要なレベルを配置する方法を考えています。自分自身を明確にするために、紙からスクリーンショットをカットしました。

Boxplot

rggplot2boxplotsignificance
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Samo Jerom

有意なレベルのボックスプロットの意味がよくわかりませんが、ここではこれらのバーを生成する方法を提案します。次に例を示します。

pp <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) + geom_boxplot()
df1 <- data.frame(a = c(1, 1:3,3), b = c(39, 40, 40, 40, 39))
df2 <- data.frame(a = c(1, 1,2, 2), b = c(35, 36, 36, 35))
df3 <- data.frame(a = c(2, 2, 3, 3), b = c(24, 25, 25, 24))

pp + geom_line(data = df1, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2, y = 42, label = "*", size = 8) +
     geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 1.5, y = 38, label = "**", size = 8) +
     geom_line(data = df3, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2.5, y = 27, label = "n.s.", size = 8)

enter image description here

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DatamineR

これは古い質問であり、DatamineRの回答はすでにこの問題に対する1つの解決策を提供していることを知っています。しかし、最近、有意バーを追加するプロセス全体を簡素化するggplot-extensionを作成しました。 ggsignif

面倒なことにgeom_lineとannotateをプロットに追加する代わりに、単一のレイヤーgeom_signifを追加するだけです。

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)

Boxplot with significance bar

パッケージの完全なドキュメントは [〜＃〜] cran [〜＃〜] で入手できます。

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const-ae