25列23行の数値matrix
と長さ25のベクトルがあります。for
ループを使用せずにマトリックスの各行にベクトルを乗算するにはどうすればよいですか。
結果は25x23行列(入力と同じサイズ)になりますが、各行にはベクトルが乗算されています。
@ hatmatrixの回答から再現可能な例を追加:
matrix <- matrix(rep(1:3,each=5),nrow=3,ncol=5,byrow=TRUE)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 1 1 1
[2,] 2 2 2 2 2
[3,] 3 3 3 3 3
vector <- 1:5
望ましい出力:
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 2 3 4 5
[2,] 2 4 6 8 10
[3,] 3 6 9 12 15
sweep()
を探していると思います。
# Create example data and vector
mat <- matrix(rep(1:3,each=5),nrow=3,ncol=5,byrow=TRUE)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 1 1 1
[2,] 2 2 2 2 2
[3,] 3 3 3 3 3
vec <- 1:5
# Use sweep to apply the vector with the multiply (`*`) function
# across columns (See ?apply for an explanation of MARGIN)
sweep(mat, MARGIN=2, vec, `*`)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 2 3 4 5
[2,] 2 4 6 8 10
[3,] 3 6 9 12 15
Rのコア機能の1つですが、長年にわたって改良が加えられてきました。
> MyMatrix <- matrix(c(1,2,3, 11,12,13), nrow = 2, ncol=3, byrow=TRUE)
> MyMatrix
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 11 12 13
> MyVector <- c(1:3)
> MyVector
[1] 1 2 3
次のいずれかを使用できます。
> t(t(MyMatrix) * MyVector)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 9
[2,] 11 24 39
または:
> MyMatrix %*% diag(MyVector)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 9
[2,] 11 24 39
実際、sweep
は私のコンピューターでは最速のオプションではありません:
MyMatrix <- matrix(c(1:1e6), ncol=1e4, byrow=TRUE)
MyVector <- c(1:1e4)
Rprof(tmp <- tempfile(),interval = 0.001)
t(t(MyMatrix) * MyVector) # first option
Rprof()
MyTimerTranspose=summaryRprof(tmp)$sampling.time
unlink(tmp)
Rprof(tmp <- tempfile(),interval = 0.001)
MyMatrix %*% diag(MyVector) # second option
Rprof()
MyTimerDiag=summaryRprof(tmp)$sampling.time
unlink(tmp)
Rprof(tmp <- tempfile(),interval = 0.001)
sweep(MyMatrix ,MARGIN=2,MyVector,`*`) # third option
Rprof()
MyTimerSweep=summaryRprof(tmp)$sampling.time
unlink(tmp)
Rprof(tmp <- tempfile(),interval = 0.001)
t(t(MyMatrix) * MyVector) # first option again, to check order
Rprof()
MyTimerTransposeAgain=summaryRprof(tmp)$sampling.time
unlink(tmp)
MyTimerTranspose
MyTimerDiag
MyTimerSweep
MyTimerTransposeAgain
これにより以下が得られます。
> MyTimerTranspose
[1] 0.04
> MyTimerDiag
[1] 40.722
> MyTimerSweep
[1] 33.774
> MyTimerTransposeAgain
[1] 0.043
最も遅いオプションであることに加えて、2番目のオプションはメモリ制限(2046 MB)に達します。ただし、残りのオプションを考慮すると、double transpositionは、私の意見ではsweep
よりもはるかに良いようです。
編集
小さいデータを繰り返し試行するだけです:
MyMatrix <- matrix(c(1:1e3), ncol=1e1, byrow=TRUE)
MyVector <- c(1:1e1)
n=100000
[...]
for(i in 1:n){
# your option
}
[...]
> MyTimerTranspose
[1] 5.383
> MyTimerDiag
[1] 6.404
> MyTimerSweep
[1] 12.843
> MyTimerTransposeAgain
[1] 5.428
速度を上げるために、乗算する前にベクトルから行列を作成できます
mat <- matrix(rnorm(1e6), ncol=1e4)
vec <- c(1:1e4)
mat * matrix(vec, dim(mat)[1], length(vec))
library(microbenchmark)
microbenchmark(
transpose = t(t(mat) * vec),
make_matrix = mat * matrix(vec, dim(mat)[1], length(vec), byrow = TRUE),
sweep = sweep(mat,MARGIN=2,vec,`*`))
#Unit: milliseconds
# expr min lq mean median uq max neval cld
# transpose 9.940555 10.480306 14.39822 11.210735 16.19555 77.67995 100 b
#make_matrix 5.556848 6.053933 9.48699 6.662592 10.74121 74.14429 100 a
# sweep 8.033019 8.500464 13.45724 12.331015 14.14869 77.00371 100 b