コントラストは因子にのみ適用できます
Rについて質問があります。
分散の均一性をテストするために、levene.testというテストを使用しています。
これが機能するためには、少なくとも2つのレベルを持つ因子変数が必要であることを知っています。そして、私が見るものから、私は私が使用している因子変数のために少なくとも2つのレベルを持っています。しかし、どういうわけか私はのエラーを取得し続けます：
> nocorlevene <- levene.test(geno1rs11809462$SIF1, geno1rs11809462$k, correction.method = "correction.factor")
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
私も二項分布から変数を生成しようとします：
k<-rbinom(1304, 1, 0.5)
それを要因として使用しますが、まだ機能していません。
最後に、3つのレベルを持つ変数を作成します。
k<-sample(c(1,0,2), 1304, replace=T)
しかし、いくつかの方法はまだ動作せず、同じエラーが発生します：
nocorlevene <-levene.test（geno1rs11809462 $ SIF1、geno1rs11809462 $ k、correction.method = "zero.removal"）
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
これは、データ内の変数の型の出力です。
> str(geno1rs11809462)
'data.frame': 1304 obs. of 16 variables:
$ id : chr "WG0012669-DNA_A03_K05743" "WG0012669-DNA_A04_K05752" "WG0012669-DNA_A05_K05761" "WG0012669-DNA_A06_K05785" ...
$ rs11809462 : Factor w/ 2 levels "2/1","2/2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
..- attr(*, "names")= chr "WG0012669-DNA_A03_K05743" "WG0012669-DNA_A04_K05752" "WG0012669-DNA_A05_K05761" "WG0012669-DNA_A06_K05785" ...
$ FID : chr "9370" "9024" "14291" "4126" ...
$ AGE_CALC : num 61 47 NA 62.5 55.6 59.7 46.6 41.2 NA 46.6 ...
$ MREFSUM : num 185 325 NA 211 212 ...
$ NORSOUTH : Factor w/ 3 levels "0","1","NA": 1 1 3 1 1 1 1 1 3 1 ...
$ smoke1 : Factor w/ 3 levels "0","1","NA": 2 2 3 1 1 1 2 1 3 1 ...
$ smoke2 : Factor w/ 3 levels "0","1","NA": 1 1 3 2 2 2 1 2 3 2 ...
$ ANYCG60 : num 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 ...
$ DCCT_HBA_MEAN: num 7.39 6.93 NA 7.37 7.56 7.86 6.22 8.88 NA 8.94 ...
$ EDIC_HBA : num 7.17 7.63 NA 8.66 9.68 7.74 6.59 9.34 NA 7.86 ...
$ HBAEL : num 7.3 8.82 NA 9.1 9.3 ...
$ ELDTED_HBA : num 7.23 7.76 NA 8.36 9.21 7.92 6.64 9.64 NA 9.09 ...
$ SIF1 : num 19.6 17 NA 23.8 24.1 ...
$ sex : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 ...
$ k : Factor w/ 3 levels "0","1","2": 1 1 2 3 1 3 3 3 1 2 ...
変数kを見るとわかるように、性別にはそれぞれ3レベルと2レベルがありますが、どういうわけかそのエラーメッセージが表示されます。
> head(geno1rs11809462)
id rs11809462 FID AGE_CALC MREFSUM NORSOUTH smoke1 smoke2 ANYCG60
1 WG0012669-DNA_A03_K05743 2/2 9370 61.0 184.5925 0 1 0 0
2 WG0012669-DNA_A04_K05752 2/2 9024 47.0 325.0047 0 1 0 0
3 WG0012669-DNA_A05_K05761 2/2 14291 NA NA NA NA NA NA
4 WG0012669-DNA_A06_K05785 2/2 4126 62.5 211.2557 0 0 1 1
5 WG0012669-DNA_A08_K05802 2/2 11280 55.6 212.2922 0 0 1 0
6 WG0012669-DNA_A09_K05811 2/2 11009 59.7 261.0116 0 0 1 0
DCCT_HBA_MEAN EDIC_HBA HBAEL ELDTED_HBA SIF1 sex k
1 7.39 7.17 7.30 7.23 19.6136 0 0
2 6.93 7.63 8.82 7.76 17.0375 0 0
3 NA NA NA NA NA 1 1
4 7.37 8.66 9.10 8.36 23.8333 1 2
5 7.56 9.68 9.30 9.21 24.1338 1 0
6 7.86 7.74 8.53 7.92 25.7272 1 2
なぜこれが起こっているのかについてのヒントを誰かが私に与えることができれば、それは素晴らしいことです。テストを実行するときに、変数kや性別、または異なるレベルを持つことでエラーが発生する理由がわかりません。
ありがとうございました
私は問題を解決したと思う。データのNA値によるものだと思います。 sayを使用してnaを削除した後
x<-na.omit(original_data)
次に、xにleveneテストを適用すると、警告メッセージが消えます。
うまくいけば、これが問題の原因です。
因子に1つのレベルしかない場合、このエラーが発生します。因子変数のレベルを確認するには、lapply(df, levels)を使用します。非ファクター変数については何も返しませんが、どの変数が違反者であるかを簡単に識別できます。これは、私のように何百もの変数がある場合に特に役立ちます。
実際に変数をfactorに変換する必要があります。 3つ（または有限）の値を持つだけでは、必ずしもそれが要因になるわけではありません。
x <- factor(x)を使用して変換します
str()の出力を見ると、各変数のタイプが表示されます。
<..cropped..>
$ SIF1 : num 19.6 17 NA 23.8 24.1 ...
$ sex : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 ...
$ k : Factor w/ 3 levels "0","1","2": 1 1 2 3 1 3 3 3 1 2 ...
$kはfactorですが、SIF1 ではありません
したがって、使用
geno1rs11809462$SIF1 <- factor(geno1rs11809462$SIF1)