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条件の長さは1より大きく、最初の要素のみが使用されます

私はデータフレームを持っています、旅行：

> head(trip.mutations)
  Ref.y Variant.y
1 T     C 
2 G     C 
3 A     C  
4 T     C 
5 C     A 
6 G     A

これらのルールに従う3番目の列mutTypeを追加します。

for (i in 1:nrow(trip)) {
   if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='A'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='T') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='G'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='C') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
   }
}

しかし、私はエラーが発生します：

Warning messages:
1: In if (trip$Ref.y == "G" & trip$Variant.y == "T" | trip$Ref.y ==  ... :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

私の論理ステートメントがベクトルを生成するはずはないと思いますが、何かが足りないかもしれません。 trip $ mutType should最終的には次のようになります。

mutType
A:T to G:C
G:C to C:G
A:T to C:G
A:T to G:C
G:C to T:A
G:C to A:T

誰でもここで何が間違っているのか見つけることができますか？必要ですか||の代わりに|たぶん？

rif-statementconditionalcalculated-columns
25
soosus

ifは長さ1のlogicalベクトルしか評価できないため、エラーが発生します。

たぶん、&（|）および&&（||）。短いバージョンは要素ごとに機能し、長いバージョンは各ベクトルの最初の要素のみを使用します。例：

c(TRUE, TRUE) & c(TRUE, FALSE)
# [1] TRUE FALSE

# c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, FALSE)
[1] TRUE

ifステートメントはまったく必要ありません。

mut1 <- trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A'
trip[mut1, "mutType"] <- "G:C to T:A"
42
sgibb

Sgibbがif問題だと言ったように、それは何の関係もありませんでした。または||。

問題を解決する別の方法を次に示します。

for (i in 1:nrow(trip)) {
  if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='A'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='T') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='G'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='C') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
  }
}
3
Jingtai