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dplyrを使用したtibbleの列名の条件付き置換

私は次のティブルを持っています：

    df <- structure(list(gene_symbol = c("0610005C13Rik", "0610007P14Rik", 
"0610009B22Rik", "0610009L18Rik", "0610009O20Rik", "0610010B08Rik"
), foo.control.cv = c(1.16204038288333, 0.120508045270669, 0.205712615954009, 
0.504508040948641, 0.333956330117591, 0.543693011377001), foo.control.mean = c(2.66407458486012, 
187.137728870855, 142.111269303428, 16.7278587043453, 69.8602872478098, 
4.77769028710622), foo.treated.cv = c(0.905769898934564, 0.186441944401973, 
0.158552512842753, 0.551955061149896, 0.15743983656006, 0.290447431974039
), foo.treated.mean = c(2.40658723367692, 180.846795140269, 139.054032348287, 
11.8584348984435, 76.8141734599118, 2.24088124240385)), .Names = c("gene_symbol", 
"foo.control.cv", "foo.control.mean", "foo.treated.cv", "foo.treated.mean"
), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
6L))

これは次のようになります。

# A tibble: 6 × 5
    gene_symbol foo.control.cv foo.control.mean foo.treated.cv foo.treated.mean
*         <chr>          <dbl>            <dbl>          <dbl>            <dbl>
1 0610005C13Rik      1.1620404         2.664075      0.9057699         2.406587
2 0610007P14Rik      0.1205080       187.137729      0.1864419       180.846795
3 0610009B22Rik      0.2057126       142.111269      0.1585525       139.054032
4 0610009L18Rik      0.5045080        16.727859      0.5519551        11.858435
5 0610009O20Rik      0.3339563        69.860287      0.1574398        76.814173
6 0610010B08Rik      0.5436930         4.777690      0.2904474         2.240881

私がやりたいのは、すべての列名をmeanでmean_exprに置き換えることです。その結果

    gene_symbol foo.control.cv foo.control.mean_expr foo.treated.cv foo.treated.mean_expr

1 0610005C13Rik      1.1620404         2.664075      0.9057699         2.406587
2 0610007P14Rik      0.1205080       187.137729      0.1864419       180.846795
3 0610009B22Rik      0.2057126       142.111269      0.1585525       139.054032
4 0610009L18Rik      0.5045080        16.727859      0.5519551        11.858435
5 0610009O20Rik      0.3339563        69.860287      0.1574398        76.814173
6 0610010B08Rik      0.5436930         4.777690      0.2904474         2.240881

どうすればそれを達成できますか？

rdplyrtidyverse
14
neversaint

現在のバージョンのdplyrでは、rename_atを使用できます。

library(dplyr)

df %>% rename_at(vars(contains('mean')), funs(sub('mean', 'mean_expr', .)))
#> # A tibble: 6 × 5
#>     gene_symbol foo.control.cv foo.control.mean_expr foo.treated.cv
#> *         <chr>          <dbl>                 <dbl>          <dbl>
#> 1 0610005C13Rik      1.1620404              2.664075      0.9057699
#> 2 0610007P14Rik      0.1205080            187.137729      0.1864419
#> 3 0610009B22Rik      0.2057126            142.111269      0.1585525
#> 4 0610009L18Rik      0.5045080             16.727859      0.5519551
#> 5 0610009O20Rik      0.3339563             69.860287      0.1574398
#> 6 0610010B08Rik      0.5436930              4.777690      0.2904474
#> # ... with 1 more variables: foo.treated.mean_expr <dbl>

実際には、rename_allも使用できます。一致しない名前は影響を受けません。さらに、rlang::as_functionに対して.funsによって関数に強制的に変換できる定数または何かを使用できるので、purrrスタイルの表記を使用できます。

df %>% rename_all(~sub('mean', 'mean_expr', .x))

データフレームはリストなので、 purrr のset_namesでも同じことができます。

library(purrr)    # or library(tidyverse)

df %>% set_names(~sub('mean', 'mean_expr', .x))

すべて同じものを返します。

24
alistaire

もう1つのオプションは、rename_atのpasteを使用することです（ devel バージョンのdplyrを使用）

library(dplyr)
df %>%
    rename_at(vars(matches('mean')), funs(sprintf('%s_expr', .)))
# A tibble: 6 × 5
#    gene_symbol foo.control.cv foo.control.mean_expr foo.treated.cv foo.treated.mean_expr
#*         <chr>          <dbl>                 <dbl>          <dbl>                 <dbl>
#1 0610005C13Rik      1.1620404              2.664075      0.9057699              2.406587    
#2 0610007P14Rik      0.1205080            187.137729      0.1864419            180.846795
#3 0610009B22Rik      0.2057126            142.111269      0.1585525            139.054032
#4 0610009L18Rik      0.5045080             16.727859      0.5519551             11.858435
#5 0610009O20Rik      0.3339563             69.860287      0.1574398             76.814173
#6 0610010B08Rik      0.5436930              4.777690      0.2904474              2.240881

またはrename_ifを使用する

df %>%
   rename_if(grepl("mean", names(.)), funs(sprintf("%s_expr", .)))
5
akrun

以下は非ダプラーベースのRメソッドです。

names(df) <- sub("mean$", "mean_expr", names(df))
# or names(df) <- sub("mean", "mean_expr", names(df)) if the mean doesn't have to be at the 
# end of the string

names(df)
#[1] "gene_symbol"           "foo.control.cv"        "foo.control.mean_expr"
#[4] "foo.treated.cv"        "foo.treated.mean_expr"

pipeの一部にしたい場合は、setNames関数を使用できます。

df %>% setNames(sub("mean", "mean_expr", names(.))) %>% names(.)
#[1] "gene_symbol"           "foo.control.cv"        "foo.control.mean_expr"
#[4] "foo.treated.cv"        "foo.treated.mean_expr"
3
Psidom

別のオプションはdplyr::select_all()です：

df %>% select_all(~gsub("mean", "mean_expr", .))
2
sbha

magritrrを使用すると、

library(magrittr)
names(df)[df %>% names %>% grep(pattern = "mean")] %<>% paste0("_expr")
df
# A tibble: 6 x 5
  gene_symbol   foo.control.cv foo.control.mean_expr foo.treated.cv foo.treated.mean_expr
* <chr>                  <dbl>                 <dbl>          <dbl>                 <dbl>
1 0610005C13Rik          1.16                   2.66          0.906                  2.41
2 0610007P14Rik          0.121                187.            0.186                181.  
3 0610009B22Rik          0.206                142.            0.159                139.  
4 0610009L18Rik          0.505                 16.7           0.552                 11.9 
5 0610009O20Rik          0.334                 69.9           0.157                 76.8 
6 0610010B08Rik          0.544                  4.78          0.290                  2.24
0
Chriss Paul