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ggpairsを使用してこのプロットを作成します

以下の最初のプロットを生成するShinyアプリにいくつかのコードがあります。ご覧のとおり、フォントサイズは相関係数のサイズによって異なります。 ggpairs（GGally）またはggplot2に似たものを作成したいと思います。以下の2番目の画像は、次のコードで作成されました。

library(GGally)
ggpairs(df, 
  upper = list(params = c(size = 10)),
  lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess", fill = "blue"))
)

ご覧のとおり、相関フォントのサイズはサイズを使用して調整できますが、サイズのベクトルを設定すると、最初の値のみが使用されます。また、「Corr：」を削除し、有意性の指標を追加したいと思います。相関係数の符号に色を使用するのもいいでしょう。下の方では、methodとfillはsmoothにリンクされていません。 2番目のプロットを取得して1番目のより多くの機能をキャプチャする方法についての提案は素晴らしいでしょう。

アンスコムのデータ ：

df <- structure(list(y1 = c(8.04, 6.95, 7.58, 8.81, 8.33, 9.96, 7.24, 
4.26, 10.84, 4.82, 5.68), x1 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y2 = c(9.14, 8.14, 8.74, 8.77, 9.26, 8.1, 
6.13, 3.1, 9.13, 7.26, 4.74), x2 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y3 = c(7.46, 6.77, 12.74, 7.11, 7.81, 8.84, 
6.08, 5.39, 8.15, 6.42, 5.73), x3 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 
14L, 6L, 4L, 12L, 7L, 5L)), .Names = c("y1", "x1", "y2", "x2", 
"y3", "x3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -11L))

correlation plot using pairs

# based mostly on http://gallery.r-enthusiasts.com/RGraphGallery.php?graph=137
panel.plot <- function(x, y) {
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(0, 1, 0, 1))
    ct <- cor.test(x,y)
    sig <- symnum(ct$p.value, corr = FALSE, na = FALSE,
                  cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
                  symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
    r <- ct$estimate
    rt <- format(r, digits=2)[1]
    cex <- 0.5/strwidth(rt)

    text(.5, .5, rt, cex=cex * abs(r))
    text(.8, .8, sig, cex=cex, col='blue')
}
panel.smooth <- function (x, y) {
      points(x, y)
      abline(lm(y~x), col="red")
      lines(stats::lowess(y~x), col="blue")
}
pairs(df, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.plot)

correlation plot using ggpairs

rggplot2correlationggally
13
Vincent

GGally1.0.1用に編集

paramsは非推奨になったため、次のようにwrapを使用します。

ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(continuous = wrap("cor", size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

enter image description here

元の回答

複雑なプロットのカスタマイズは、パラメータリストから常に利用できるとは限りません。それは当然のことです。覚えておくにはパラメータが多すぎます。したがって、信頼できる唯一のオプションは、ソースを変更することです。これは、プロジェクトが githubでホストされている の場合に特に便利です。

forked repo で行われた、最初の簡単な変更を次に示します。コードを更新して以下のプロットを作成する最も簡単な方法は、関数ggally_corをコピーしてグローバル環境に貼り付け、GGally名前空間で同じ関数をオーバーライドすることです。

# ggally_cor <- <...>
assignInNamespace("ggally_cor", ggally_cor, "GGally")
ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(params = c(size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

enter image description here

テキストラベルを削除し、重要度インジケーターを追加しました。ただし、色とサイズの変更は、以前にマッピングされているため、それほど簡単ではありません。私はまだそれについて考えていますが、あなたはその考えを理解し、あなたのさらなるカスタマイズに進むかもしれません。

編集：コードを更新しました。最新のコミットを参照してください。ラベルのサイズを相関の絶対値にマップするようになりました。別の色が必要な場合も同様のことができますが、これはおそらくあまり良い考えではないと思います。

enter image description here

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tonytonov