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ggplot2によるバイオリンプロットの分割

Seabornドキュメントの このページ の4番目の例のように、ggplotを使用して分割バイオリン密度プロットを作成したいと思います。

enter image description here

ここにいくつかのデータがあります：

set.seed(20160229)

my_data = data.frame(
    y=c(rnorm(1000), rnorm(1000, 0.5), rnorm(1000, 1), rnorm(1000, 1.5)),
    x=c(rep('a', 2000), rep('b', 2000)),
    m=c(rep('i', 1000), rep('j', 2000), rep('i', 1000))
)

このように回避されたバイオリンをプロットできます：

library('ggplot2')

ggplot(my_data, aes(x, y, fill=m)) +
  geom_violin()

enter image description here

しかし、サイドバイサイド分布のさまざまなポイントで幅を視覚的に比較することは困難です。 ggplotで分割バイオリンの例を見つけることができませんでした-可能ですか？

ベースRグラフィックスソリューション が見つかりましたが、関数は非常に長く、分布モードを強調表示したいです。その関数を編集する方法。

rggplot2violin-plotggproto
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user102162

または、密度をいじるのを避けるために、 ggplot2のGeomViolin このように：

GeomSplitViolin <- ggproto("GeomSplitViolin", GeomViolin, 
                           draw_group = function(self, data, ..., draw_quantiles = NULL) {
  data <- transform(data, xminv = x - violinwidth * (x - xmin), xmaxv = x + violinwidth * (xmax - x))
  grp <- data[1, "group"]
  newdata <- plyr::arrange(transform(data, x = if (grp %% 2 == 1) xminv else xmaxv), if (grp %% 2 == 1) y else -y)
  newdata <- rbind(newdata[1, ], newdata, newdata[nrow(newdata), ], newdata[1, ])
  newdata[c(1, nrow(newdata) - 1, nrow(newdata)), "x"] <- round(newdata[1, "x"])

  if (length(draw_quantiles) > 0 & !scales::zero_range(range(data$y))) {
    stopifnot(all(draw_quantiles >= 0), all(draw_quantiles <=
      1))
    quantiles <- ggplot2:::create_quantile_segment_frame(data, draw_quantiles)
    aesthetics <- data[rep(1, nrow(quantiles)), setdiff(names(data), c("x", "y")), drop = FALSE]
    aesthetics$alpha <- rep(1, nrow(quantiles))
    both <- cbind(quantiles, aesthetics)
    quantile_grob <- GeomPath$draw_panel(both, ...)
    ggplot2:::ggname("geom_split_violin", grid::grobTree(GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...), quantile_grob))
  }
  else {
    ggplot2:::ggname("geom_split_violin", GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...))
  }
})

geom_split_violin <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "ydensity", position = "identity", ..., 
                              draw_quantiles = NULL, trim = TRUE, scale = "area", na.rm = FALSE, 
                              show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) {
  layer(data = data, mapping = mapping, stat = stat, geom = GeomSplitViolin, 
        position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes, 
        params = list(trim = trim, scale = scale, draw_quantiles = draw_quantiles, na.rm = na.rm, ...))
}

そして、新しいgeom_split_violin このような：

ggplot(my_data, aes(x, y, fill = m)) + geom_split_violin()

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jan-glx

注：jan-glxの答えははるかに優れていると思うので、ほとんどの人は代わりにそれを使うべきです。

これを実現するには、事前に密度を自分で計算してから、ポリゴンをプロットします。大まかなアイデアについては、以下をご覧ください。

密度を取得する

library(dplyr)
pdat <- my_data %>%
  group_by(x, m) %>%
  do(data.frame(loc = density(.$y)$x,
                dens = density(.$y)$y))

グループのフリップおよびオフセット密度

pdat$dens <- ifelse(pdat$m == 'i', pdat$dens * -1, pdat$dens)
pdat$dens <- ifelse(pdat$x == 'b', pdat$dens + 1, pdat$dens)

Plot

ggplot(pdat, aes(dens, loc, fill = m, group = interaction(m, x))) + 
  geom_polygon() +
  scale_x_continuous(breaks = 0:1, labels = c('a', 'b')) +
  ylab('density') +
  theme_minimal() +
  theme(axis.title.x = element_blank())

結果

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Axeman