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githubリポジトリから開発バージョンRパッケージをインストールするときにlibディレクトリを指定する方法

Ubuntuでは、install.packages()でlibオプションを指定して、ディレクトリ/usr/lib/R/site-libraryにすべてのRパッケージをインストールしています。

しかし、install_github()を使用してRパッケージの開発バージョンをインストールしようとすると、常にシステムユーザーのローカルリポジトリにインストールされます。

.libPaths()には、ローカルリポジトリを含む4つのディレクトリがあります。だから、私は2つの質問があります、

  1. .libPaths()からローカルリポジトリを削除すると、他の3つのリポジトリにインストールされますか？

  2. install_github()でインストールライブラリパスを指定する方法はありますか？

Ubuntu 12.04 64bitとR 3.0.1を使用しています

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  1. ローカルリポジトリを.libPaths()から削除できません

  2. RStudioでinstall_github()を使用してインストールしようとすると、libが指定されていないため、local repositoryにインストールされます。

  3. install_github()をnon-root userとしてインストールしようとすると、libが指定されていないため、local repositoryにインストールされます。

  4. install_github()をroot userとしてインストールしようとすると、libが指定されていないため、/usr/local/lib/R/site-libraryにインストールされます。

installation libを指定するものはありますか？

rgitrstudiodevtools
28
Manoj G

指定したライブラリパスをdevtoolsに追加するには、with_libpaths()を使用する必要があります

with_libpaths()の引数は、with_libpaths(new, code)です

以下は、with_libpaths()の使用例です。

_library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))
_

礼儀：ハドリー、 ここ :)

そしてwith_libpaths()以外にも、devtools::with_something()にはより多くのオプションがあります。

_in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters
_

詳細な説明 ここ

42
Manoj G

install_githubは、...に渡すdevtools::install引数を取ります。 devtools::installにはargs引数があります。

引数
R CMDインストールに渡される追加のコマンドライン引数のオプションの文字ベクトル。これはデフォルトでオプション「devtools.install.args」の値になります。

R CMD installはライブラリ引数を取ります

 Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print INSTALL version info and exit
  -c, --clean           remove files created during installation
      --preclean        remove files created during a previous run
  -d, --debug           turn on debugging messages
                        and build a debug DLL
  -l, --library=LIB     install packages to library tree LIB

したがって、以下が機能するはずです：

devtools::install_github("repo", args = c('--library="./mypath/gdfgdg/"'))

ただし、R CMD installの呼び出しに代わるものではないようです。

"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --Vanilla CMD INSTALL  \
  "C:\Users\john\AppData\Local\Temp\RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz"  \
  --library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests  \
  --library="C:/Users/john/Desktop/"
11
jdharrison

これはより回避策ですが、Rのコマンドラインバージョンを使用する方法を見つけました。

Ubuntuから：

_Sudo -i R_

トリック（私が見つけた）は_-i_オプションを使用することです

次にRから：

.libPaths()

ローカルRディレクトリが表示されません。デフォルトのディレクトリは私が欲しいものです。

次に、私はinstall.packages()またはinstall_github()を免除します。

お役に立てれば、

イアン

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Ian Lyttle