切断されたコンポーネントがいくつかあるigraphがあります。例えば:
library(igraph)
g <- simplify(
graph.compose(
graph.ring(10),
graph.star(5, mode = "undirected")
)
) + Edge("7", "8")
この例では、ノード7と8と同様に、ノード9は独自のグラフであり、残りは3番目のグラフを形成します。
私はこれらを別々に扱いたいので、1つのigraphを3つのigraphのリストに変換したいと思います(接続性によって分割)。
これを達成するためにいくつかのコードをハッキングしましたが、非効率的でかなりひどいです。
split_graph_into_connected_subgraphs <- function(g)
{
adjacency_list <- get.adjlist(g)
connected_nodes <- lapply(
adjacency_list,
function(adjacent_nodes)
{
new_nodes <- out <- adjacent_nodes
# Keep finding nodes that are adjacent to ones we already know about,
# until we find no more
repeat
{
doubly_adjacent_nodes <- Reduce(union, adjacency_list[new_nodes])
new_nodes <- setdiff(doubly_adjacent_nodes, out)
if(length(new_nodes) == 0)
{
break
}
out <- union(out, new_nodes)
}
sort(out)
}
)
# Single value nodes should contain themselves, not be empty
connected_nodes <- ifelse(
vapply(adjacency_list, length, integer(1)) == 0,
seq_along(connected_nodes),
connected_nodes
)
# We don't care about repeats, just the unique graphs
connected_nodes <- unique(connected_nodes)
# Get the subgraph from each
lapply(
connected_nodes,
function(nodes) induced.subgraph(g, nodes)
)
}
list_of_subgraphs <- split_graph_into_connected_subgraphs(g)
lapply(list_of_subgraphs, plot)
グラフをよりきれいに分割する方法はありますか?
以下を使用して、グラフの接続されたコンポーネントを計算できます。
clusters(g)
# $membership
# [1] 1 1 1 1 1 1 2 2 3 1
#
# $csize
# [1] 7 2 1
#
# $no
# [1] 3
または、次のコマンドを使用して、グラフのコンポーネントごとに個別のグラフを作成することもできます。
dg <- decompose.graph(g) # returns a list of three graphs
plot(dg[[1]]) # plot e.g. the 1st one