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knitr / rmarkdown / Latex：図と表を相互参照するには？

Knitr/rmarkdownで作成されたPDFの図と表を相互参照しようとしています。 SOおよびtex.stackexchange（ here および here など）にはいくつかの質問があり、このインラインを行う方法を追加することを示唆しています\ref{fig:my_fig}、ここでmy_figはチャンクラベルです。しかし、rmarkdown文書でそれを試してみると、図番号があるはずの??を取得します。相互参照を適切に機能させる方法を知りたい。

再現可能な例を以下に示します。 2つのファイルがあります：rmarkdownファイルに加えて、回答に影響する場合に備えてheader.texファイルを追加しました（header.texファイルを含めても含めなくても同じ問題があります）。

rmarkdownファイルには、3つの相互参照の例があります。例1は、相互参照が失敗する図です（図番号の代わりに??が表示されます）。また、2番目のコメントアウトされた試行（ this SO answer に基づく）があります。ここでは、チャンクの前後にlatexマークアップを使用して、フィギュア環境、ラベル、キャプションを設定しようとします、しかし、ドキュメントを編成しようとするとpandocエラーが発生します。エラーは次のとおりです。

! Missing $ inserted.
<inserted text> 
                $
l.108 ![](testCrossRef_

例2はxtableを使用し、相互参照が機能します。例3はkableを使用し、相互参照は失敗します。

PDF出力のスクリーンショットは、この投稿の最後に含まれています。

rmarkdownファイル

---
title: | 
  | My Title  
author: | 
  | eipi10  
  | Department of Redundancy Department  
date: "`r format(Sys.time(), '%B %e, %Y')`"
output: 
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes
fontsize: 11pt
geometry: margin=1in
graphics: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.height=2, fig.width=4)
```

# Example 1. Figure

This is a report. Take a look at Figure \ref{fig:fig1}.  

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

<!-- Now, let's take a look at this other plot in Figure \ref{fig:fig2}. -->

<!-- \begin{figure} -->
<!-- ```{r fig2, echo=FALSE} -->
<!-- plot(mtcars$cyl, mtcars$mpg) -->
<!-- ``` -->
<!-- \caption{This is another caption} -->
<!-- \label{fig:fig2} -->
<!-- \end{figure} -->

# Example 2: `xtable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab1} below. 

```{r echo=FALSE, results="asis"}
library(xtable)
print.xtable(
  xtable(mtcars[1:3,1:4], label="tab:tab1", caption="An xtable table"), 
  comment=FALSE)
```

# Example 3: `kable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab2} below. 

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="A `kable` table")
```

header.texファイル

% Caption on top
% https://tex.stackexchange.com/a/14862/4762
\usepackage{floatrow}
\floatsetup[figure]{capposition=top}
\floatsetup[table]{capposition=top}

PDF出力

enter image description here

rlatexknitrr-markdowncross-reference
47
eipi10

bookdown::pdf_document2の代わりに出力形式pdf_documentを使用できます。図を参照するための構文は\@ref(fig:chunk-label)です。詳細については、ドキュメントを参照してください： https://bookdown.org/yihui/bookdown/figures.html

34
Yihui Xie

knitrで\ label {fig：mwe-plot}を生成できない に続いて、キャプション引数に\label{...}を追加すると、基礎となるtexファイルにラベルが作成されます。

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="\\label{fig:fig1}This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

そして

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="\\label{tab:tab2}A `kable` table")
```
28
Weihuang Wong

captioner パッケージを試すことができます。 このリンク で例を見つけることができます。

私の場合、次のコードチャンクを含めます。

table_captions <- captioner::captioner(prefix="Tab.")
figure_captions <- captioner::captioner(prefix="Fig.")

t.ref <- function(label){
  stringr::str_extract(table_captions(label), "[^:]*")
}

f.ref <- function(label){
  stringr::str_extract(figure_captions(label), "[^:]*")
}

次のように、コードチャンクを定義するときに表と図にキャプションを含めます。

```{r chunk_creating_one_figure, echo=FALSE, fig.cap=figure_captions("one_figure", "figure label")}
plot(1)
```

または

```{r chunk_creating_one_table, echo=FALSE, fig.cap=table_captions("one_table", "table label")}
knitr::kable(data.frame(col="something"), format="markdown")
```

参照は、Rmarkdown全体でinline_textとして含まれています。

As shown in figure `r f.ref("one_figure")`
Data is shown on table `r t.ref("one_table")`
2
Gitanoqevaporelmundoentero