Rスクリプトを実行しようとしています(特に、Bioconductorパッケージの「getLineages」関数 Slingshot を使用しています。
この関数を使用すると、「ベクターメモリが使い果たされた(制限に達しましたか?)」というエラーが表示されるのはなぜかと思っています。私が分析しているデータ)。
Stackoverflowにはこのような他の質問があることを理解していますが、それらはすべてRの64ビットバージョンに切り替えることを示唆しています。しかし、私はすでにこのバージョンを使用しています。これまでのところ、この問題に対する他の答えはないようです。誰か知っているだろうかと思っていましたか?
データのサイズはわずか120 MBで、コンピューターの8 GBのRAMをはるかに下回ります。
Rstudioを使用している場合、複数のStackOverflow投稿で提案されているようにSys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)
を設定するとコマンドラインでのみ機能し、Rstudioを使用中にそのパラメーターを設定してもこのエラーは防止されません。
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
さらに読んだ後、 this スレッドが見つかりました。これは、Rstudioの問題を明確にし、以下に示す解決策を特定します。
ステップ1:ターミナルを開き、
ステップ2:
cd ~
touch .Renviron
open .Renviron
ステップ3:次を.Renviron
の最初の行として保存します。
R_MAX_VSIZE=100Gb
注:この制限には、物理メモリと仮想メモリの両方が含まれます。そのため、16Gbの物理メモリを搭載したマシンで_MAX_VSIZE = 16Gbを設定しても、このエラーが防止されない場合があります。マシンの仕様に応じて、このパラメーターを使用する必要があります。