Rにパッケージをインストールしようとしていますが、次のエラーを回避できません。
何が起こっている? :(
Fedora 20、R 3.2を実行しています
biocLite("monocle")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.5), R version 3.2.0.
Installing package(s) 'monocle'
trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/monocle_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 332309 bytes (324 KB)
downloaded 324 KB
installing *source* package ‘monocle’ ...
R
inst
preparing package for lazy loading
Error in unloadNamespace(package) :
namespace ‘plyr’ is imported by ‘reshape2’, ‘ggplot2’, ‘scales’ so cannot be unloaded
Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
Package ‘plyr’ version 1.8.1 cannot be unloaded
ERROR: lazy loading failed for package ‘monocle’
removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/monocle’
monocle
がplyr
を再度アンロードしてインストールしようとしているようですが、他のパッケージggplot2
、scales
およびreshape2
はplyr
に依存しています。これらのパッケージを使用して削除してください
remove.packages("ggplot2")
remove.packages("reshape2")
remove.packages("scales")
そして最後に
remove.packages("plyr")
もう一度monocle
をインストールしてください。
Monocle
はplyr
に依存します
依存R(> = 2.7.0)、HSMMSingleCell(> = 0.101.5)、Biobase、ggplot2(> = 0.9.3.1)、スプライン、VGAM(> = 0.9-5)、igraph(> = 0.7.0)、プライヤ
monocle
ホームページ http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html
MASS
パッケージでも同じエラーが発生しました。
そのパッケージを削除するために使用される以下のコマンド。
remove.packages("MASS")
コマンドの下で新たに試してみましたが、うまくいきました。
install.packages("MASS")
library(MASS)
Rを再起動してこれを解決しました。
パッケージをアンインストールしたら、quit()を実行してRを再起動します