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Rのベン図？

limmaパッケージ以外に、Rでベン図を作成するための他のパッケージはありますか？

誰かがヒントを得ましたか？

ここにいくつかの ベン図の作成に関する注記limmaパッケージを使用します。

rvenn-diagram
27
JD Long

Duncan Murdochにはベンパッケージがあります 、これはCRANにはありません。 （ Gabor Grothendieckへのハットチップ ）

それについて読むこともできます 「Journalof StatisticsSoftware」で 。

6
Shane

ベン図パッケージのリスト：

16
bala

R-forgeの由緒あるパッケージ があります。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Venn diagram

10
Marek

私はトリックに2つのカスタム関数を使用します。私のvenndiaの実装は、ベン図をプロットし、AとB（およびC）の間のオーバーラップのリストを返します。以下のコードを参照してください。

これらを使用すると、

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

これは、データをプロットして返します。あなたはすることによってデータを返すことをオフに切り替えることができます

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

getdataはデフォルトでFALSEであるため。 /ダニエル

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}
7
Daniel

Gplotsパッケージのvenn関数は、4/5セットのベン図を作成する必要がある場合にも役立ちます。

7
Paolo

これは非常に遅くなりますが、答えを検索している他の人にとっては役立つかもしれません： VennDiagram 、CRAN here 。

複数のセット（ベン図の場合は4セット、オイラー図の場合は3セット）、カスタマイズ可能な色とフォント、単純な構文、そして何よりも円のサイズはデータセットのサイズに比例します（少なくとも2つのデータを比較する場合）セット）。インストールするには：

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

生体伝導体パッケージを使用し、ゲノム座標を使用している場合、最近、vennDiagramがパッケージ ChIPpeakAnno （バージョン2.5.12）に 実装 されました。たとえば、Chip-seqピークのゲノム座標のきれいな交差を可能にします。早期導入者の場合、 開発パッケージ をインストールする必要があるかもしれません。

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))
6
fridaymeetssunday

パッケージVennDiagramをお勧めします： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

パケ19には、非常に良い例の10個のパケがあります（高度なものと単純化されたものの両方）。今のところ、私はそれがする必要があることをすることができないことを何も見つけていません。

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Stenemo