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Rへの配管stdin

StdinをRスクリプトにパイプするのに問題があります。

これが私のおもちゃのスクリプトですtest.R：

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines('stdin', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

各行を調べて、いくつかの処理を行います。これがinputという名前の私の入力ファイルです。

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

私が行った場合

cat input | test.R

私だけが得ます：

aaaaaa

見逃したことはありますか？

rshellpipe
26
WYi

Stdin接続を明示的に開いた場合、これは起こりません。

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}
43
Vincent Zoonekynd

ジェフと私は littler を書いて、これだけを行うようにしました（他にもいくつかあります）。 littler があるため、Rscriptを詳しく調べたことはありません-しかし、これは原則としてうまく機能するはずです。

これは、/bin/lsからの出力（およびawkによるクイックフィルター）を使用してファイルサイズを要約する、初期の例の1つです。

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | \
                                    awk '!/^total/ {print $5}' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

edd@max:~/svn/littler/examples$

ここでのスクリプトfsizes.rは、わずか3行です。

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$
13
Dirk Eddelbuettel

これが最も簡単です found （数値入力を想定）：

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

あなたはそれをテストすることができます：

$ echo -e "1\n2\n3" | R --slave -e 'x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)'
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0
3
mmoya