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R：rJavaパッケージのインストールの失敗

install.packages("rJava")コマンドを使用してrJavaをインストールすると、次のエラーが表示されます。

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/Java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
Java libs   : '-L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/lib/AMD64/server -L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/lib/AMD64 -L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../lib/AMD64 -L -L/usr/Java/packages/lib/AMD64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Java JDKがインストールされており、Java -versionは以下を返します。

$ Java -version
Java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

エラーを探し回ると、他の人が同じ問題を抱えているのに、「JREだけでなくJDK全体をインストールする」以外の解決策を見つけられないことがわかります。

私が読んだ他のことは、Sudo R CMD javareconfを実行することで、エラーなしで非常にうまく実行されました。

私の問題は何ですか？

[[EDIT]]この問題が発生してから数か月が経ちました。以下に投稿した回答に示すように、最初にJavaパスを編集してこれを解決しました。私は最近、新しいUbuntuのインストールで同じ問題に遭遇しました。 apt-getを使用してrJavaパッケージをインストールするようにDirkの推奨を試しました。完璧に機能しました。最初に感謝しなかったのは、Ubuntu apt-getメソッドを使用してパッケージをインストールすることは、R内でinstall.packages（）を使用して同じパッケージをロードすることとは根本的に異なることです。 。

rrjava
106
JD Long

私の問題は、Java_HOME環境変数の問題であることがわかりました。はい、衝撃的です。 PATHおよびJava_HOMEの初期設定は次のようになりました。

export Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-6-Sun
export PATH=$PATH:$Java_HOME/bin

そして、/jreを追加したので、次のようになります。

export Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-6-Sun/jre
export PATH=$PATH:$Java_HOME/bin

Javaのすべてが/jreなしで正常に動作するように見えましたが、rJavaはそうではありませんでした。奇数。

72
JD Long

しません

apt-get install r-cran-rjava

簡単だった？ seR！ :)で私に尋ねたかもしれません

106
Dirk Eddelbuettel

ありがとう-$Java_HOMEについてのあなたの提案は私に同様の解決策を導きました：

Prompt$ unset Java_HOME

rを呼び出す前に.

20
Chris Pudney

私は同じ問題に遭遇し、以下のコマンドを実行した後に機能しました。

export Java_LIBS="$Java_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

詳細は http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html =

15
Yanchang Zhao

これはUbuntu 12.04とRバージョン3.0でうまくいきました

cd /usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.26/include

これはjni.hがあるディレクトリです

次に、必要な別のヘッダーファイルへのソフトリンクを作成します（以下のJava_CPPFLAGSオプションに複数のディレクトリを含める方法を見つけるのが面倒です）。

Sudo ln -s linux/jni_md.h .

最後に

Sudo R CMD javareconf Java_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.26/include
11
KevinH

以下は別の投稿での私の答えの1つです- エラー：インストールされたパッケージを今すぐロードできません
（これはこの質問にも関連しています）

Linux（Ubuntu）ユーザーの場合： Oracle-Java（7/8） がインストールされている場合。この場所にあります/usr/lib/jvmおよびSudoアクセスが必要です。

次のエントリを使用してファイル/etc/ld.so.conf.d/Java.confを作成します。

/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle/jre/lib/AMD64
/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle/jre/lib/AMD64/server

（Javaバージョンに応じて、Java-8-OracleをJava-7-Oracleに置き換えます）

次に：

Sudo ldconfig

RStudioを再起動してから、rJavaパッケージをインストールします。

7
Tejus Prasad

それが私がそれを機能させる方法です：

Linuxの場合（Ubuntu 16.04）

Sudo apt-get install default-jre
Sudo apt-get install default-jdk
Sudo R CMD javareconf

rで：

install.packages("rJava")
5
Jim Chen

AMD64でGentooの下でRを実行します。 R 2.12.0にアップグレードしました

Rバージョン2.12.0（2010-10-15）Copyright（C）2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0プラットフォーム：x86_64-pc-linux-gnu（64-bit）およびそれらの厄介なメッセージ離れて。

ヤン・ヴァンダーメール

4
Jan Vandermeer

Openjdk-7- *をインストールしようとしましたが、それでもrJavaのインストールに問題がありました。コンピューターを再起動した後、問題はまったくありませんでした。

そう

Sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing Java, then try to install package "rJava" in R
2
Vahid Mirjalili

RJavaパッケージは/usr/lib/jvm/default-Java/フォルダーを探します。ただし、デフォルトでは使用できません。このフォルダーには、システムに構成されたデフォルトのJavaのシンボリックリンクがあります。

デフォルトのJavaをアクティブにするには、次のパッケージをインストールします。

Sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

CRAN R 3.4.1を使用してubuntu 17.04でテスト済み

2
Gustavo Garcia

私のために働いたのは、ファイル/usr/lib/R/etc/javaconfからJava_HOMEを変更することでした

Javaが有効になっているバージョンを確認しました：Sudo update-alternatives --config Java。私の場合、それはJava-8-Oracleでした

ファイル/usr/lib/R/etc/javaconfを開き、default-JavaをJava-8-Oracleに置き換えました。

${Java_HOME=/usr/lib/jvm/default-Java}

と取り換える ：

${Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle}

そしてSudo R CMD javareconf

RStudioを再起動すると、rJavaをインストールできました。

2
Kevin Zarca

私はそれをダウンロードすることで動作しました： https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz 実行コマンドR CMD install rJava_0.9-8 .tar.gz

1
user3136869

私がやることはここにあります：

  1. /etc/apt/sources.listで、次を追加します。

    deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

注：rjavaは最新バージョンである必要があります

2実行：Sudo apt-get update Sudo apt-get install r-cran-rjava

古いバージョンのrjavaを更新したら、rhdfs_1.0.8をインストールできます。

1
user3119404

Windows 10の使用中に同じ問題に直面していました。次の手順を使用して問題を解決しました。

  1. https://Java.com/en/download/windows-64bit.jsp からJavaをダウンロードします（64ビットWindowsの場合）\ Install it
  2. https://www.Oracle.com/technetwork/Java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 64ビットWindows\InstallからJava開発キットをダウンロードしますそれ
  3. 次に、desktop\Properties\Advanced system settings\Advanced\Environment Variables\Under System variablesの「This PC」アイコンを右クリックし、Path\Select Edit\Click New\Copyをクリックして、パス「C：\ Program Files\Java\jdk1」を貼り付けます。 .8.0_201\bin」および「C：\ Program Files\Java\jre1.8.0_201\bin」（引用符なし）\ OK\OK\OK

注：jdk1.8.0_201およびjre1.8.0_201は、Java開発キットおよびJavaのバージョンに応じて変更されます

  1. [環境変数]ウィンドウで、[ユーザーのユーザー変数]に移動し、[新規作成]をクリックします。[変数名]で「Java_HOME」、変数値で[C：\ Program Files\Java\jdk1.8.0_201\bin]\[OK]を押します

インストールを確認するには、CMD\Type javac\Type Enterを開き、Java\press Enterと入力します enter image description here

RStudioで実行

Sys.setenv(Java_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注：jdk1.8.0_201は、Java開発キットのバージョンに応じて変更されます

これで、rJavaパッケージを問題なくインストールしてロードできます。

0
Bappa Das

問題は、rJavaがRStudio（Version 1.0.136）にインストールされないことでした。以下は私のために働いた（macOS Sierra version 10.12.6）（ here が見つかりました）：

ステップ-1：javaforosx.dmgを here からダウンロードしてインストールします

ステップ-2：次に、RStudio内からコマンドを実行します。

install.packages("rJava", type = 'source')
0
Nilesh Ingle