Matlabでは、スクリプトの先頭でclose allを使用してプロットを閉じ、数字が積み重ならないようにします。
close all
Rに同様のコマンドがありますか?
graphics.off()は動作するはずです。 dev.off()を必要な回数だけ呼び出すことで実装されます。
graphics.off()
dev.off()