install.packages("rJava")
コマンドを使用してrJavaをインストールすると、次のエラーが表示されます。
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/Java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
Java libs : '-L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/lib/AMD64/server -L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/lib/AMD64 -L/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.20/jre/../lib/AMD64 -L -L/usr/Java/packages/lib/AMD64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
Java JDKがインストールされており、Java -version
は以下を返します。
$ Java -version
Java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
エラーを探し回ると、他の人が同じ問題を抱えているのに、「JREだけでなくJDK全体をインストールする」以外の解決策を見つけられないことがわかります。
私が読んだ他のことは、Sudo R CMD javareconf
を実行することで、エラーなしで非常にうまく実行されました。
私の問題は何ですか?
[[EDIT]]この問題が発生してから数か月が経ちました。以下に投稿した回答に示すように、最初にJavaパスを編集してこれを解決しました。私は最近、新しいUbuntuのインストールで同じ問題に遭遇しました。 apt-getを使用してrJavaパッケージをインストールするようにDirkの推奨を試しました。完璧に機能しました。最初に感謝しなかったのは、Ubuntu apt-getメソッドを使用してパッケージをインストールすることは、R内でinstall.packages()を使用して同じパッケージをロードすることとは根本的に異なることです。 。
私の問題は、Java_HOME
環境変数の問題であることがわかりました。はい、衝撃的です。 PATH
およびJava_HOME
の初期設定は次のようになりました。
export Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-6-Sun
export PATH=$PATH:$Java_HOME/bin
そして、/jre
を追加したので、次のようになります。
export Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-6-Sun/jre
export PATH=$PATH:$Java_HOME/bin
Javaのすべてが/jre
なしで正常に動作するように見えましたが、rJavaはそうではありませんでした。奇数。
しません
apt-get install r-cran-rjava
簡単だった? seR! :)で私に尋ねたかもしれません
ありがとう-$Java_HOME
についてのあなたの提案は私に同様の解決策を導きました:
Prompt$ unset Java_HOME
rを呼び出す前に.
私は同じ問題に遭遇し、以下のコマンドを実行した後に機能しました。
export Java_LIBS="$Java_LIBS -ldl"
R CMD javareconf
これはUbuntu 12.04とRバージョン3.0でうまくいきました
cd /usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.26/include
これはjni.hがあるディレクトリです
次に、必要な別のヘッダーファイルへのソフトリンクを作成します(以下のJava_CPPFLAGSオプションに複数のディレクトリを含める方法を見つけるのが面倒です)。
Sudo ln -s linux/jni_md.h .
最後に
Sudo R CMD javareconf Java_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/Java-6-Sun-1.6.0.26/include
以下は別の投稿での私の答えの1つです- エラー:インストールされたパッケージを今すぐロードできません
(これはこの質問にも関連しています)
Linux(Ubuntu)ユーザーの場合: Oracle-Java(7/8) がインストールされている場合。この場所にあります/usr/lib/jvm
およびSudo
アクセスが必要です。
次のエントリを使用してファイル/etc/ld.so.conf.d/Java.conf
を作成します。
/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle/jre/lib/AMD64
/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle/jre/lib/AMD64/server
(Javaバージョンに応じて、Java-8-OracleをJava-7-Oracleに置き換えます)
次に:
Sudo ldconfig
RStudioを再起動してから、rJavaパッケージをインストールします。
それが私がそれを機能させる方法です:
Sudo apt-get install default-jre
Sudo apt-get install default-jdk
Sudo R CMD javareconf
install.packages("rJava")
AMD64でGentooの下でRを実行します。 R 2.12.0にアップグレードしました
Rバージョン2.12.0(2010-10-15)Copyright(C)2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0プラットフォーム:x86_64-pc-linux-gnu(64-bit)およびそれらの厄介なメッセージ離れて。
ヤン・ヴァンダーメール
Openjdk-7- *をインストールしようとしましたが、それでもrJavaのインストールに問題がありました。コンピューターを再起動した後、問題はまったくありませんでした。
そう
Sudo apt-get install openjdk-7-*
RESTART after installing Java, then try to install package "rJava" in R
RJavaパッケージは/usr/lib/jvm/default-Java/
フォルダーを探します。ただし、デフォルトでは使用できません。このフォルダーには、システムに構成されたデフォルトのJavaのシンボリックリンクがあります。
デフォルトのJavaをアクティブにするには、次のパッケージをインストールします。
Sudo apt-get install default-jre default-jre-headless
CRAN R 3.4.1を使用してubuntu 17.04でテスト済み
私のために働いたのは、ファイル/usr/lib/R/etc/javaconf
からJava_HOMEを変更することでした
Javaが有効になっているバージョンを確認しました:Sudo update-alternatives --config Java
。私の場合、それはJava-8-Oracle
でした
ファイル/usr/lib/R/etc/javaconf
を開き、default-Java
をJava-8-Oracle
に置き換えました。
${Java_HOME=/usr/lib/jvm/default-Java}
と取り換える :
${Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-8-Oracle}
そしてSudo R CMD javareconf
RStudioを再起動すると、rJavaをインストールできました。
私はそれをダウンロードすることで動作しました: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz 実行コマンドR CMD install rJava_0.9-8 .tar.gz
私がやることはここにあります:
/etc/apt/sources.listで、次を追加します。
deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main
注:rjavaは最新バージョンである必要があります
2実行:Sudo apt-get update Sudo apt-get install r-cran-rjava
古いバージョンのrjavaを更新したら、rhdfs_1.0.8をインストールできます。
Windows 10の使用中に同じ問題に直面していました。次の手順を使用して問題を解決しました。
注:jdk1.8.0_201およびjre1.8.0_201は、Java開発キットおよびJavaのバージョンに応じて変更されます
インストールを確認するには、CMD\Type javac\Type Enterを開き、Java\press Enterと入力します
RStudioで実行
Sys.setenv(Java_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")
注:jdk1.8.0_201は、Java開発キットのバージョンに応じて変更されます
これで、rJavaパッケージを問題なくインストールしてロードできます。