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R 3.4.1「シングルキャンドル」パーソナルライブラリパスエラー：「NA」を作成できません

Linux Mint 18.1 CinnamonマシンでR（3.4.1 "Single Candle"）にアップデートし、パッケージをインストールしようとしました。 Rは以下を返しました。

> install.packages('ggplot2')
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("ggplot2") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
Would you like to create a personal library
NA
to install packages into?  (y/n) y
Error in install.packages("ggplot2") : unable to create ‘NA’

私は以前に「lib not writable」出力に遭遇しましたが、通常は次のような解決策を提供します：

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
to install packages into?  (y/n) y

パーソナルライブラリがNAを提案している理由はありますか？これを手動で上書きする方法はありますか？

rubuntu-16.04linux-mint
41
Biolife12

2017年7月8日以降、これによりすべての問題が解決されます

Sudo apt-get update
3
MYaseen208

この問題の原因はわかりませんが（Ubuntu 16.04でも発生しています）、簡単な回避策を次に示します。

_.libPaths(c("/home/your_username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/", .libPaths()))
_

もちろん、_"/home/your_username/..."_を別のディレクトリ（個人用ライブラリを格納する）に置き換えることができます。

このソリューションは、install.packages()およびlibrary()を機能させます。完全な修正を待っています！

編集：私はこのソリューションが永続的ではないことに注意する必要があります。つまり、Rを再起動した後は持続しません。これを修正するには、上記と同じコード行を_/home/your_username/.Rprofile_ファイルに追加します。

12
arcruz0

@Dirkのコメントで詳細を見る（ https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=866768 ）これは、パッケージがインストールされるように計画された動作ですシステムのすべてのユーザーに対して1回。

解決策は、個々のユーザーごとに個人用パッケージライブラリを使用するという以前の動作を復元するのではなく、/usr/local/lib/R/をすべてのユーザーが書き込み可能にすることです。

ターミナルを開いて：

  • /usr/local/lib/でcd /usr/local/lib/に移動します
  • Owner：groupを変更して、すべてのユーザーがフォルダーに書き込みできるようにします。私のコンピューターには、すべてのユーザーがメンバーとなっているグループがあるので、それを使用しましたが、 https://askubuntu.com/questions/66718/how-to-manage-users-and-）を参照してください。 groups 必要に応じてグループを設定するためのヘルプ
  • 所有権を変更するには、Sudo chown owner:group -R R/を使用します。 ownerは任意のユーザーであり、問​​題ではありません。 groupが重要です。システムでRを使用したい人がこのグループのメンバーであることを確認してください。 -Rは再帰的です（つまり、R/内のすべてのファイルとフォルダーに対して実行します）。
  • グループの権限を変更する必要がある場合は、chmod -R 775 R/を使用します。これにより、所有者とグループに読み取り、書き込み、実行のアクセス許可が与えられ、他のすべてのユーザーには読み取りと実行のアクセス許可が与えられます。

Rを再起動すると、この共有場所にパッケージをインストールできるはずです。

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Phil

私の解決策 は次のとおりでした：

ファイル/usr/lib/R/etc/Renviron Rの設定があります。

43〜45行目には次のようになります。

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'}

コメントを解除しましたR_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}、RStudioを再起動すると、動作します。

EDIT：コメントを見ると、計画的な行動のようです。 ここ は別のソリューションです。

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potockan

これはR 3.4.1のバグである可能性があり、私の解決策は

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

/etc/R/Renvironファイルに

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4.1:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}
0
zefeng wu

いくつかのBioconductorパッケージのインストール手順を実行しているときにも同じことが起こりました。

その後、bashコマンドラインでこれ（または同様の）を記述できることにも気付きました。

_export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && R_

または

_export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && rstudio_

次に、R内でupgrade.packages()（またはinstall.packages()、またはbiocLite()）を実行します。

このように、変更は一時的なものであり、構成ファイルを更新する必要はありません。

この.Renviron or。Rprofile`のコマンドがRの起動時にR_USER_LIBSを別の場所に設定する場合（この設定を確認してください）、このシェルコマンドは役に立ちません。

$ HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.Xをそのまま使用することは、この場所にすでに多くのパッケージがある場合に、そこにアップグレード/インストールすることをお勧めします。私はそこに多くのBioconductorパッケージを持っています、そしてそれらを再度ダウンロードしたくありません、これらのパッケージのいくつかは、使用されると巨大な "Omics"データセットをダウンロードします。/usr/local/lib/Rが存在するパーティションのディスク領域が少なすぎるか、遅いドライブにある可能性があります。

0
knb