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rmarkdownでテーブルとプロットを相互参照する方法は？

次のテンプレートを使用しています

_---
title: "Nice try buddy"
author: "SpaceMan"
date: "13 December 2057"
output:
  bookdown::pdf_document2
header-includes:
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{longtable}
- \usepackage{array}
- \usepackage{multirow}
- \usepackage[table]{xcolor}
- \usepackage{wrapfig}
- \usepackage{float}
- \usepackage{colortbl}
- \usepackage{pdflscape}
- \usepackage{tabu}
- \usepackage{threeparttable}
- \usepackage{threeparttablex}
- \usepackage[normalem]{ulem}
- \usepackage{makecell}  
---
---
references:
- id: fenner2012a
  title: One-click science marketing
  container-title: Nature Materials
  volume: 11
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Title

\begin{equation}
f\left(k\right)=\binom{n}{k}p^k\left(1-p\right)^{n-k} \label{eq:binom}
\end{equation}

You may refer to it using `\@ref(eq:binom)`, e.g., see Equation \@ref(eq:binom).
and not a Nice citation! @fenner2012a


## Including Tables

You can also embed tables, for example:  \@ref(tab:tw)

```{r tw, echo=FALSE}
mytable
```

## References
_

ここで、mytableはRセッションに格納され、次のように生成されます

_mytable <- head(cars) %>% kable(format = "latex", 
                                booktabs = T, 
                                caption = "Demo Table", 
                                escape = F) %>%
kable_styling(latex_options = 'HOLD_position')
_

さて、これは動作するはずですが、私が使用してドキュメントを編むとき

rmarkdown::render('C:\\Users\\john\\Documents\\bbv.Rmd')

  • テーブルの_cross-reference_がありません！ _??_のみが表示されます
  • そして、テーブルにはこの奇妙な_#tab_があります-それを取り除く方法は？
  • tOCは要求していませんが、ここにあります

enter image description here

これらの問題を修正する方法はありますか？ありがとう！

編集：奇妙な_#tab_が再起動後に消えました。

rr-markdownbookdownkablekableextra
11
ℕʘʘḆḽḘ

問題は、Rチャンクの外でそれを使用することにより、kableの意図に反して作業していることです。

kable()関数は、プレフィックスtab:にチャンクラベルを加えたテーブル環境のラベルを自動的に生成します。

https://bookdown.org/yihui/bookdown/tables.html

したがって、次の回避策は間違いなくハッキー側にあります。ファイルfoo.Rmdを

---
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: no
header-includes:
- \usepackage{float}
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```


## Including Tables

You can also embed tables, for example:  \@ref(tab:tw)

```{r tw, echo=FALSE}
mytable
```

You can also embed tables, for example:  \@ref(tab:tw2)

```{r tw2, echo=FALSE}
mytable2
```

Referencing images is easier: \@ref(fig:plt)

```{r plt, echo=FALSE, fig.cap = 'hello', fig.height=3} 
myplot 
```

このファイルを2番目のファイルfoo.Rで処理できます。

library(knitr)
library(kableExtra)
# add the label to the options that would normally be populated from the chunk options
opts_current$append(list(label = "tw"))
mytable <- head(cars) %>% kable(format = "latex", 
                                booktabs = T, 
                                caption = "Demo Table", 
                                escape = F) %>%
  kable_styling(latex_options = 'HOLD_position')
opts_current$restore()

opts_current$append(list(label = "tw2"))
mytable2 <- tail(cars) %>% kable(format = "latex", 
                                booktabs = T, 
                                caption = "Demo Table", 
                                escape = F) %>%
  kable_styling(latex_options = 'HOLD_position')
opts_current$restore()

myplot <- ggplot(cars, aes(x = dist, y = speed)) + geom_point()

rmarkdown::render("foo.Rmd")

原則として、これらのコマンドはRプロンプトでも実行できますが、直接プロンプトを使用しないようにしています。ところで、私はあなたのコードで(#tab)出力を取得しません。

ただし、kableの動作に逆らわないほうが理にかなっていると思います。プレゼンテーションのデータ操作を分離することが理にかなっていることを理解できます。ただし、テーブルの作成は、私の観点からはプレゼンテーションです。したがって、外部でテーブルを作成する代わりに、外部でデータを作成するだけです。これを具体的にするために、ファイルbar.Rmdを使用します。

---
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: no
header-includes:
- \usepackage{float}
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(kableExtra)
```

## Including Tables

You can also embed tables, for example:  \@ref(tab:tw)

```{r tw, echo=FALSE}
mydata %>% kable(format = "latex", 
                 booktabs = T, 
                 caption = "Demo Table", 
                 escape = F) %>%
  kable_styling(latex_options = 'HOLD_position')
```

ファイルと一緒にbar.R：

# insert data processing here
mydata <- head(cars)
rmarkdown::render("bar.Rmd")

これにより、同じ出力が得られ、データ処理は（最初に！）プレゼンテーションから分離されます。

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Ralf Stubner