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RStudioで使用するためにcondaがインストールされたRをセットアップする方法は？

enter image description here

Rを使用してconda（最終的にBeaker Notebookで使用する）をセットアップしようとしており、condaをインストールしたバージョンでRStudioを使用できるようにしたいRの。

Rをインストールする私の方法：

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

そのバージョンのRを実行しました（このバージョンのみをインストールしました）

> version
               _                           
platform       x86_64-Apple-darwin11.0.0   
Arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair

RでJupyterを実行すると、バグが発生します。たとえば、エラーを出力する場合、stdoutに出力し、文字列内のすべての文字を改行で分割します。 RStudioを使用したいが、Rの別のバージョンをインストールしたくない。

Rのc​​ondaバージョンをRStudioにルーティングするにはどうすればよいですか？

これが私の.bash_profileこれが役立つかどうかわからない：

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

私はこれらのチュートリアルに従っていましたが、私は迷っています。私は実際に環境変数などにあまり詳しくありません。

（1） https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

（2） 環境変数を設定してMac Eclipseを起動

私のRを探したとき、次のように指示されました。

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

しかし、（1）からの指示はこのパスを使用しているため、非常に混乱しています：

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

私はこの男がやったことをやってみて、これを私の.bash_profileしかし、うまくいきませんでした。 .bashrcしかし、まだ機能しませんでした（行を追加した後、両方ともsourced）

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

AnacondaのRバージョンを使用するようにRStudioに指示する方法

残念ながら、anacondaには https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration でこれに関するチュートリアルがありません。

renvironment-variablesrstudioanacondaconda
19
O.rka

which Rは、Rインタープリターを表示します（rからcondaパッケージをインストールし、環境をアクティブにした場合）、rstudioを起動します同じ環境から問題なくピックアップできるはずです。

テストのために、ArchLinuxで、以下をビルドしてインストールしました。 https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

..その後、Rインタプリタ（pacman -Rdd r）、その後rからconda（conda install -c r r）そして、それはうまく働きました。その後、端末を閉じて新しい端末を開きました（正しいconda環境がアクティブ化されず、次のようにRStudioを正常に起動しました）コマンド：RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

重要なのは、適切な環境からRStudioを起動することですか？きみの ~/.bash_profileおよび~/.bashrcは、bashを実行したときにのみソースされます。 Linux環境では、デスクトップ環境が環境変数を認識できるように環境変数を設定するには、~/.profileまたは/etc/pam.d（これらの変更を行った後、ログアウトまたはシャットダウンする必要がある場合があります）およびOS Xでは、チェックアウトする必要があります https://Apple.stackexchange.com/q/57385

5
Ray Donnelly

https://anaconda.org/r/rstudio を参照してください：

$ conda install -c r rstudio

次に、コマンドラインから：

$ rstudio

（それは私がそれをインストールした方法であり、動作します。）

9
Piotr Migdal

更新：これを~/.bash_profileに追加！

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R

最後の行の@ Z-Shiyiへのクレジット https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

上記の@Ray Donnellyが言ったことへの追加。基本的に、正しい環境から実行する必要があります（つまり、ターミナルから実行する）。

次のいずれかが可能です：

（A）これを~/.bash_profileexport RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/Rに入れます（condaを使用しているが、Rパスを置くことができる場合）

（B）次に、ソースになった後、これを端末に入力します（端末を再起動するか、source .bash_profileを実行します）：open -a RStudioこれで動作します。

または私がしたことを行うことができます：

（A）オートマトンを開きます（Macを使用していない場合は申し訳ありません。Macでのみ機能します）

（B）Run Shell Scriptを使用する

（C）次に、既に存在するcatを削除して、以下を入力します：export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

（D）run_rstudio.appのような名前で保存し、それを実行するだけで動作します： enter image description here

2
O.rka

更新：AnacondaディストリビューションにはRStudioのパッケージが含まれるようになったため、それを使用でき、フープをジャンプする必要はまったくありません。 Anaconda Navigatorに直接インストールすることもできます。

1
Ray Donnelly