Rバージョン3.1.2(2014-10-31)のrvestパッケージをインストールする必要があります
これらのエラーが発生します:
checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** stringi cannot be built. Upgrade your C++ compiler's settings
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringi’
ERROR: dependency ‘stringi’ is not available for package ‘stringr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/httr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘selectr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/selectr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘selectr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/rvest’
Rパッケージrvestをインストールする方法についてのアイデアはありますか?
私は次のようにstringiパッケージを構築することができました:
install.packages('stringi', configure.args='--disable-cxx11')
私のシステムはR:3.2.3のUbuntu 14.04ですが、同じ問題が発生しました。
次に、err megをチェックして、libcurl4-openssl-devとlibxml2-devのライブラリをインストールしようとしました。
_Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
Sudo apt-get install libxml2-dev
_
インストール後、install.packages("rvest")
は成功しました。
新しくインストールしたUbuntu 18.04のRstudioバージョン1.1.456にRcurl, XML, rvest, xml2
をインストールしようとしたときに、tidyverse, DESeq2, RUVSeq
などの依存関係が必要でした。とにかく、不足している依存関係がたくさんありました。この答えはUbuntu18.04のコメントとしてより適しているかもしれませんが、私はそれほど多くの評判を持っていません。したがって、ソリューションの要約を作成しようとすると、Ubuntu18.04で機能します。
ターミナルで、次のコマンドを実行します。
Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev
Sudo apt-get install libxml2-dev
次に、Rstudio内で
install.packages("xml2")
install.packages("rvest")
install.packages("tidyverse") # might need other dependencies installed in Rstudio
tidyverse
を手に入れました!
ターミナル内:
Sudo apt-get install libmysqlclient-dev ## for RMySQL
次に、Rstudio内で
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")
biocLite('RUVSeq') ## might have messages as following
installation path not writeable, unable to update packages: cluster, foreign, MASS, Matrix, mgcv, nlme, survival
ターミナルで:
Sudo R ## give R the root permission
## in the R session within the terminal
pks <- c('cluster', 'foreign', 'MASS', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'survival')
install.packages(pks)
q()
それは私自身の経験です。これが良いことを願っています一般化可能性。