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tapply（）からの出力をdata.frameにするにはどうすればよいですか？

Rに次のようなdata.frameがあります。

      score    rms  template   aln_id       description
1  -261.410  4.951 2f22A.pdb  2F22A_1 S_00001_0000002_0
2  -231.987 21.813 1wb9A.pdb  1WB9A_4 S_00002_0000002_0
3  -263.722  4.903 2f22A.pdb  2F22A_3 S_00003_0000002_0
4  -269.681 17.732 1wbbA.pdb  1WBBA_6 S_00004_0000002_0
5  -258.621 19.098 1rxqA.pdb  1RXQA_3 S_00005_0000002_0
6  -246.805  6.889 1rxqA.pdb 1RXQA_15 S_00006_0000002_0
7  -281.300 16.262 1wbdA.pdb 1WBDA_11 S_00007_0000002_0
8  -271.666  4.193 2f22A.pdb  2F22A_2 S_00008_0000002_0
9  -277.964 13.066 1wb9A.pdb  1WB9A_5 S_00009_0000002_0
10 -261.024 17.153 1yy9A.pdb  1YY9A_2 S_00001_0000003_0

次のように、data.frameの要約統計量を計算できます。

> tapply( d$score, d$template, mean )
1rxqA.pdb 1wb9A.pdb 1wbbA.pdb 1wbdA.pdb 1yy9A.pdb 2f22A.pdb 
-252.7130 -254.9755 -269.6810 -281.3000 -261.0240 -265.5993

この出力を強制的にdata.frameに戻す簡単な方法はありますか？次の2つの列が必要です。

d$template
mean

私はtapplyが大好きですが、現在、tapplyの結果を切り取ってテキストファイルに貼り付け、少しハッキングして、適切な名前で必要な要約統計量を取得しています。これは非常に間違っていると感じます、そして私はもっと良いことをしたいです！

rstatistics
19
James Thompson
library(plyr)
ddply(d, "template", summarise, mean = mean(score))
8
hadley

tapply呼び出しからの出力をdata.frameに変換する方法はたくさんあります。

しかし、そもそもtapplyの呼び出しをavoidする方がはるかに簡単ですそして、それを、ベクトルの代わりにデータフレームを返す同様の関数の呼び出しに置き換えます。

すなわち：

  • tapplyはベクトルを返します

  • aggregateデータフレームを返します

したがって、関数呼び出しをtapplyからaggregateに変更するだけです。

data(iris)     # in 'datasets' just call 'data' and pass in 'iris' as an argument

tx = tapply(iris$Sepal.Length, list(iris$Species), mean)
# returns: versicolor  virginica 
             5.94       6.59 

class(tx)
# returns: vector

tx = aggregate(iris$Sepal.length, list(iris$Species), mean)
# returns:
         Group.1    x
     1 versicolor 5.94
     2  virginica 6.59


class(tx)
# returns: data.frame
26
doug

あなたはこれを試すことができます：

mn <- tapply(d$score,d$template,mean)
df <- data.frame(template=names(mn),mean=mn)
14
teucer