スカイプバージョン4がスタートアッププログラムの1つとして設定されています。スカイプが起動するたびに、フルウィンドウモードでポップアップします。システムトレイ内の単なるアイコンとして起動することをお勧めします。
[設定-一般]で、[システムトレイで最小化されたSkypeを起動]というラベルの付いたボックスをオンにします。これにより、最小化して開くことができます。 (少なくともgnome 3ではそうです)