自分のディレクトリにR 3.3.1をインストールする方法

Question

これはやや重複した質問です（ディレクトリにインストールされているRのPATHを設定する方法を参照）が、Rの新しいバージョンでいくつかの新しい問題に遭遇しました。

私は自分のディレクトリに新しいバージョンのR（R 3.3.1）をインストールしようとしていました。以前のインストールフローに従いました

しかし、今までにない問題に出会いました。

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 ....... checking for zlib.h... yes checking if zlib version >= 1.2.5... no checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

zlibのバージョンが低すぎるようですので、現在のバージョンのzlibをインストールしました

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11 make && make install

それから私はRの設定をもう一度やろうとしました：

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

それでも私は同じエラーがありました：

checking if zlib version >= 1.2.5... no checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

それから私は誰かに気づきました Rの構成ファイルを変更して問題を回避してください
私はその例に従って、zlibエラーを解決しました。しかし、他のエラーが続いた。簡単に言えば、他の依存ライブラリをインストールしました

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11 make && make install tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so make clean # modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2] make make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6 tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz cd /root/xz-5.2.3 ./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3 make -j3 make install tar zxvf pcre-8.40.tar.gz cd /root/pcre-8.40 ./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8 make -j3 && make install tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz cd /root/curl-7.52.1 ./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 make && make install ./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

構成は機能しているようです：

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu Source directory: . Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1 C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2 Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2 C++ compiler: g++ -g -O2 C++11 compiler: g++ -std=c++0x -g -O2 Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2 Obj-C compiler: Interfaces supported: X11, tcltk External libraries: readline, curl Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling Capabilities skipped: TIFF Options not enabled: memory profiling Recommended packages: yes

しかし私が電話したとき

make && make install

それでも「make」は最後までそれを作ることができませんでした：

... gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas /usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link) /usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link) ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0' collect2: error: ld returned 1 exit status ... make: *** [R] Error 1

フォローアップ：thrigの提案に基づいて、以下の行を.cshrcファイルに追加しました

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

そして

source .cshrc

問題が解決しました！

Jun · Answer

これは上記の問題の解決策です

の例に従って、R の構成ファイルを変更します。

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11 make && make install tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so make clean

makefileを変更します（オリジナル：変更後のCC = gcc：CC = gcc -fPIC）推奨されるようにここに

make make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6 tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz cd xz-5.2.3 ./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3 make -j3 make install tar zxvf pcre-8.40.tar.gz cd pcre-8.40 ./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8 make -j3 && make install tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz cd curl-7.52.1 ./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl make && make install ./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

以下の行を.cshrcファイルに追加します

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

そして

source .cshrc

R-3.3.1ディレクトリに移動します。

make && make install

うまくいくはずです。