利用可能なバイオインフォマティクスおよび計算生物学ツールは何ですか？
今日、私はUbuntuのScientificバージョンを探すように頼まれました。彼らは実際に、DNAシーケンス分析、タンパク質検証、推定、および生物学に関連する多くのタスクを実行するツールを探しています。
最初：
Ubuntuの科学的でバイオ志向のバージョンはありますか
上記のような科学的分析を行うツールはありますか。
さまざまなDebian、RHEL、およびVirtal Machineベースのオペレーティングシステムと、計算生物学およびバイオインフォマティクス用の研究ツールでいくつかのグーグルを行いました。注目に値するいくつかを以下にまとめます。
Debian Med ：医療行為と生物医学研究の要件に特に適したDebianオペレーティングシステム。
DNALinux ：バイオインフォマティクスソフトウェアがプリインストールされた仮想マシンです。
Bioknoppix ：Knoppix Linux Live CDのカスタマイズされたディストリビューションです。分子生物学者向けのアプリケーションが付属しています。 RAMを使用する以外に、Bioknoppixはホストコンピューターに触れないため（ライブCDであるため）、デモンストレーション、分子生物学の学生、ワークショップなどに最適です。
Vigyaan ：（「Vigyaan」はヒンディー語で「科学」を意味します。しかし、これは私にとって科学的なLinuxではありません）。 Vigyaanは、バイオインフォマティクス、計算生物学、および計算化学のための電子ワークベンチです。初心者と専門家の両方のニーズを満たすように設計されています。 VigyaanCDは、すぐに使用できるモデリングソフトウェアでコンピューターを起動するために必要なすべてのソフトウェアを含むライブLinux CDです。 VigyaanCD v1.0はKNOPPIX v3.7に基づいています。
VLinux ：バイオインフォマティクスの学生および研究者向けのLinuxディストリビューションおよびアプライアンスです。 OpenSUSEに基づいており、NovellのSuse Studioを使用して構築されています。
BioSLAX ：シンガポール国立大学（NUS）のバイオインフォマティクスセンター（BIC）のリソースチームによってリリースされたバイオインフォマティクスツールの新しいライブCD/DVDスイートです。任意のPCから起動可能なこのCD/DVDは、SLAXとも呼ばれるLINUXオペレーティングシステムの圧縮SLACKWAREフレーバーを実行します。
Bio-Linux 6. ：バイオインフォマティクスワークステーションを備えた、フル機能、強力、構成可能、および簡単なメンテナンスです。 Bio-Linuxは、Ubuntu Linux 10.04ベースで500を超えるバイオインフォマティクスプログラムを提供します。バイオインフォマティクスプログラム用のグラフィカルメニューのほか、Bio-Linuxバイオインフォマティクスドキュメンテーションシステムへの簡単なアクセスと、プログラムのテストに役立つサンプルデータがあります。 Bio-Linuxパッケージをインストールして、新しい世代のシーケンスデータタイプを処理することもできます。
バイオインフォマティシャンとしての私の意見は、あなたに合ったLinuxフレーバーをダウンロードして実行することです。ほとんどすべてが無料でダウンロードして使用できます。私の研究では、UbuntuとCentOSを使用しています。私の経験を共有します。
CentOS ：セットアップ中にすべてのライブラリをインストールする場合、後で多くの問題は発生しません。 Molecular Dynamicsパッケージ AMBER および Desmond を使用しました。一般に、多くの問題を引き起こすことなく実行されます。
buntu： 多くのライブラリがプリインストールされていないため、ソフトウェアの実行に関する情報の入手先を知っておく必要があります。 ただし、 buntuは研究者の間で非常に人気があります なので、試してはいけない理由はありません。ソフトウェアのインストールまたは実行で問題が発生した場合は、その特定のソフトウェアに関連する特定のメーリングリストに質問を投稿できます。Ubuntuソフトウェアセンタープログラムでは Pymol 、- AutoDock 、 nipro UGENE などが利用可能です。 Gromacsは以前に利用可能でした（12.04では見つかりませんでした）。
Ubuntuにすべての有用なソフトウェアを一度インストールしてから Remastersys を使用してOSのコピーを作成し、できるだけ多くのOSをインストールすることを強くお勧めします希望するデスクトップとワークステーション
個人的には、生物学と化学の研究対象者をターゲットにした特殊なLinux OSを持つことには大きな範囲があると思います。
それが役に立てば幸い。
私の知る限り、この目的に特化したディストリビューションはありません。
（RedHat/Centosに基づく Scientific Linux と呼ばれるディストリビューションが存在しますが、主にHigh Energy Physicsによって開発され、そのニーズを対象としています（そして、Ubuntuに不足している一般的な機能はありません）。）
パッケージのコレクションには生物学カテゴリがあります（科学/工学の下）。ただし、ubuntuにパッケージ化された特殊な科学アプリケーションの数は比較的少ないです（そして、これは他の分布にも当てはまると思います）。 Science + Engineering/Biology いくつかリストされていますが、最新ではないようです。
とは言っても、多くの科学ツールは公式リポジトリにはありませんが、ダウンロードできるubuntu互換（.deb）パッケージ（たとえば libSBML ）、または一般的なLinuxバイナリ（たとえば Copasi ）、またはプラットフォームに依存しない（Java、pythonなどで記述されている）ため、Ubuntuでも問題なく実行できます（例 ImageJ ）。
私は計算生物学の仕事にUbuntuを使用していますが、これには主に、特殊なアプリケーションではなく汎用ツール（R、pythonなど）での作業が含まれます。
Ubuntu Scienceにはいくつかのリミックスがありますが、それらはすべて消滅したようです。これは多くのUbuntuリミックスでの方法のようです。なぜなら、多くの場合、いくつかのアプリケーションを自動的にインストールする以外に多くを提供しないため、開発者がそれらを維持するために必要なクリティカルマスを取得しないためです。
Scientific Linux のような堅実な科学ベースのディストリビューションを使用することをお勧めします。これは、Fermilab、CERNなどによって使用（および開発）されたものです。これは今後のディストリビューションではありませんいつでもどこでもすぐに利用でき、科学界からの多大なサポートを受けています。残念ながら、Red Hatに基づいているため、ニーズに完全に適合しない場合があります。
Ubuntuを使用する必要がある場合は、リポジトリでいくつかの科学アプリケーションを利用できます。UbuntuSoftware Centerを起動し、「Science＆Engineering」-> Biologyを参照します。これらのプログラムは自分の専門知識の範囲外であるため、これらのプログラムの有用性は定かではありません。それらが十分であれば、新しいマシンをセットアップするときにすべてをインストールするクイックbashスクリプトをセットアップできます。