.gif形式の分子の回転3D Spacefillモデルを作成するには、どのフリーソフトウェアを使用できますか？

Question

私が話していることの例は、このアニメーション Wikipedia です。関連する場合、32ビット12.10を実行しています。あなたが名前を付けたソフトウェアでこれらのgifファイルをどのように作成するかについて、写真（適切な領域（テキストで言及されている）が強調表示されているスクリーンショット）で段階的に説明してください。

Methadone [wikipedia

Glutanimate · Accepted Answer

QuteMol

概要

QuteMol は、私が今まで見た中で最も美しい分子視覚化の一部を生成します。ソフトウェアはFLOSSであり、公式リポジトリから入手できます。

説明

QuteMolは、オープンソース（GPL）、インタラクティブ、高品質の分子視覚化システムです。 QuteMolは、OpenGLシェーダーを介して現在のGPU機能を活用して、一連の革新的な視覚効果を提供します。 QuteMol視覚化技術は、大きな分子または複雑なタンパク質の3D形状と構造をより明確に理解しやすくすることを目的としています。

リアルタイムアンビエントオクルージョン

深度を意識したシルエットの強化

ボールとスティック、スペースフィルとリコリスの視覚化モード

出版品質のレンダリングを作成するための高解像度のアンチエイリアススナップショット

Webページアニメーション用の回転分子のアニメーションGIFの自動生成

高分子およびタンパク質（> 10万原子）のリアルタイムレンダリング

標準PDB入力

NanoEngineer-1のプラグインとして、ナノコンポジット用のモデリングおよびシミュレーションプログラムをサポート（新規！）

QuteMolは、ISTI-CNRのVisual Computing LabのMarco TariniとPaolo Cignoniによって開発されました。

スクリーンショット

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インストール

QuteMolはUbuntu Software Centreから入手できます。

_{（ソース： buntu.com ）}

CLIを使用する場合は、次のコマンドでQuteMolをインストールできます。

Sudo apt-get install qutemol

注：Ubuntuビルドには多くのバグがあるようです。いくつかのマイナーなUI要素は正しく機能せず、レンダリングは時々変形した構造を生成します。最後のポイントは、小さな分子を扱うときに主に起こるようです。これらの問題はすべて、WINEまたはPlayOnLinuxでQuteMolを実行することで解決できます。

ソースからQuteMolをビルドして、問題がリポジトリ内のバージョンに制限されているかどうかを確認しようとしましたが、それはばかげて難しいタスクであり、まったく機能しませんでした。

使用法

基本的な使用法

QuteMolは非常に使いやすいです。選択したPDBファイルを開き、ビューを調整して、エクスポートボタンを押します。

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GIF形式を選択してください：

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お好みのレンダリングモードを選択します。アニメーションの回転時間とフレーム数を調整することにより、FPSカウントを設定できます。

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レンダリングモード

全回転モード：

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検査モード：

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6面モード：

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メタドン（質問に記載）：

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（方向とシェーダーの設定は少し異なりますが、あちこち微調整することで同一に見えるようにすることができます）

構造データの検索

PDBデータベース

QuteMolは、入力として標準.pdbファイルを取ります。この形式は、タンパク質やその他の高分子に最も一般的に使用されていますが、低分子にも使用できます。 Protein Data Bank でマクロ分子.pdbファイルの幅広い選択を見つけることができます。

同様に、.pdbダウンロードに付属する小分子用の豊富な構造ライブラリを見つけるのは困難ですが、次のいずれかで試してみてください。

PDBファイルを提供する場合と提供しない場合がある他のデータベースは、 here にあります。

始めるために、Methadoneで使用したPDBファイルをアップロードしました here 。これは、WINE/PoLバージョンでより適切に動作する可能性があります。

PDBファイルを取得する他の方法

MDF .pdbファイルなど、他のより一般的な形式から.molファイルに変換することもできます。 babelを使用してこれを行うことができます。これは、多数の異なる化学構造形式間で変換する強力なコマンドラインツールです。でインストール

Sudo apt-get install babel

babelは非常に簡単に使用できます。ファイル入力と目的の出力を指定して、魔法をかけるだけです：

babel methadone.mol methadone.pdb

または、babelに暗黙の水素を追加する場合：

babel -h methadone.mol methadone.pdb

PHを定義してプロトン化状態を変更することもできます。

babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb

3次元の構造情報を持つファイルを使用するようにしてください。そうしないと、.pdb出力が無意味になります。

3D MOL/SDFファイルの適切なソースは、 Pubchem および亜鉛です。ファイルをダウンロードするときは、必ず3D SDFオプションを選択してください。

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追加のエクスポートオプション

GIFはWeb公開には適していますが、サイズやその他の問題のために、プレゼンテーションで使用すると非常に面倒な場合があります。この特定のユースケースでは、GIFファイルをMPEG4ビデオにすばやく変換するNautilusスクリプトを作成しました。

#!/bin/bash # NAME gif2mp4 0.1 # AUTHOR Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate) # LICENSE GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) # DESCRIPTION Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files. # DEPENDENCIES zenity,imagemagick,avconv TMPDIR=$(mktemp -d) FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.") VIDDIR=$(dirname $1) if [ -z "$FPS" ] then exit fi notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..." convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4" notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted" rm -rf $TMPDIR

出力サンプル： https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g

インストール手順はここにあります： Nautilusスクリプトをインストールする方法は？

PyMOL

概要

QuteMolは素晴らしい小さなプログラムですが、レンダリングモードと画像操作の点で非常に制限されています。複合視覚化のより高度な処理については、 PyMOL を確認することをお勧めします。シンプルなアニメーションの作成方法に関するチュートリアルは、こちらにあります。ここでチュートリアルを作成していましたが、PyMOLを十分に習得できていませんでした。