フォルダがブランチに変換されましたか？
TFS（2012を使用しています）で、デフォルトでソースフォルダーをブランチに変換するのはなぜですか？ 
私はソースをブランチとは考えていません。これにはどのような長所/短所がありますか？
「ソースをブランチとは見なさない」という意味がわかりません。ソースフォルダは、ブランチを作成するとすぐにブランチになります。ターゲットフォルダーは、ソースブランチの子であるブランチでもあります。
これを有効にすることに不利な点はありません。これが有効になっているかどうかに関係なく、ソースとターゲットには分岐関係があり、2つの分岐間の変更をマージできます。
このボックスを有効にすると、ソースとターゲットをマージできるだけでなく、Visual Studioのブランチの視覚化ツールも使用できるようになります。これらのツールは、コードがブランチとマージ関係の間でどのように流れるかを理解したい場合に役立ちます。
James Reedの回答でいくつかの用語を明確にしています。
re： "ソースをブランチとは見なしません"
生物学的ツリーでは、トランクはブランチと呼ばれません。
コンピュータ用語では、branching relationshipの両側をBranchesと呼びます。生物学的ツリーのように、元のbranchをtrunkとして表示することを選択するのは、視覚化のみです。 （視覚化ツールは、生物学的ツリーのTrunkとして、[最初のオリジナル] source branchの-thinkを好む人間が作成したため、 ブランチトランクとしてのtarget branch
TFS 2008の用語では、Branchは別のFolderへのbranching relationshipを持つFolderです。内部的にはどちらもfolder objectsです。
TFS（2010年以降）の用語では、Branchは内部branch objectであり、多くの追加のメタデータ（および別のアイコン）を備えたfolder objectです。
re：なぜデフォルトでソースフォルダをブランチに変換するのですか？
ほとんどすべての通常の状況で、トランクを分岐したい場合、ソースFolder [オブジェクト]をBranch [オブジェクト]に変換して、追加のメタデータをすべて持っているため、単なるFolder [オブジェクト]では利用できない追加の視覚化と操作が可能になります。
Branch [オブジェクト]には別のBranch [オブジェクト]を含めることはできませんが、Branch [オブジェクト]にはFolder [オブジェクトを含めることができます。 ]。したがって、複雑なプロジェクトでは、Branch [オブジェクト]をFolder [オブジェクト]に変換して、より高いBranch [オブジェクト]。
これを行うには、メニューコマンドFile/Source Control/Branching and Merging/Convert to Folderを使用します。 （：まれに必要になるため、右クリックのコンテキストメニューにはありません。:)
プロジェクト全体を管理している場合、FolderをBranchに変換する必要がある/したいことがわかります（通常のBranchを使用してbranching relationshipをまだ作成していません）コマンド）、メニューコマンドFile/Source Control/Branching and Merging/Convert to Branchを使用します。
James Reedの回答を拡張する。 TFSに関するMicrosoftのドキュメントによると here ：
「フォルダ」より「ブランチ」の2つの大きな利点があります。
ブランチ階層を表示する機能
チェンジセットを追跡する機能
フォルダーまたはファイルを分岐する
フォルダーまたはファイルを直接分岐させることはできますが、回避することをお勧めします。そうしないと、ブランチ階層を表示したり、チェンジセットを追跡したりできません。