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エラー2013：CHECK TABLE FOR UPGRADEを実行すると、クエリ中にMySQLサーバーへの接続が失われました

Ubuntuを11.10から12.04にアップグレードしました。私のRailsアプリは（passenger）エラーを返します "ソケット '/var/run/mysqld/mysqld.sock'を介してローカルMySQLサーバーに接続できません '（111）（Mysql2 :: Error ） "。mysql -u root -pを使用してUbuntuサーバーのコマンドラインでmysqlにアクセスしようとすると、同様のエラーが発生します。

Mysql-server 5.5がインストールされています。チェックしましたが、mysqlが実行されていません。再起動しようとすると失敗します。

次に、再起動を試みた後の/ var/log/syslogの末尾からの重要な行をいくつか示します。

dean@dgwjasonfried:/etc/mysql$ tail -f /var/log/syslog
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Looking for 'mysqlcheck' as: /usr/bin/mysqlcheck
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=3306' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--Host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--Host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' 
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=3306' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--Host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--Host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' 
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: /usr/bin/mysqlcheck: Got error: 2013: Lost connection to MySQL server during query when executing 'CHECK TABLE ...  FOR UPGRADE'
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: FATAL ERROR: Upgrade failed
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: molex_app_development.assets                       OK
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: molex_app_development.ecd_types                    OK
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5124]: Checking for insecure root accounts.
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried kernel: [ 7551.769657] init: mysql main process (5064) terminated with status 1
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried kernel: [ 7551.769697] init: mysql respawning too fast, stopped

/etc/mysql/my.cnfのほとんどは次のとおりです。

Remember to edit /etc/mysql/debian.cnf when changing the socket location.
[client]
port            = 3306
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock

Here is entries for some specific programs
The following values assume you have at least 32M ram

This was formally known as [safe_mysqld]. Both versions are currently parsed.
[mysqld_safe]
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock
Nice            = 0

[mysqld]

  Basic Settings

user            = mysql
pid-file        = /var/run/mysqld/mysqld.pid
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock
port            = 3306
basedir         = /usr
datadir         = /var/lib/mysql
tmpdir          = /tmp
lc-messages-dir = /usr/share/mysql
skip-external-locking

 Instead of skip-networking the default is now to listen only on
 localhost which is more compatible and is not less secure.
bind-address            = 127.0.0.1

そして、var/run/mysqld/mysqld.sockの権限は次のとおりです。

srwxrwxrwx 1 mysql mysql 0 Mar 7 09:18 mysqld.sock

コミュニティからの提案があれば感謝します。ここで関連する質問を確認し、提供されたいくつかの修正を試みましたが、役に立ちませんでした。

ありがとう！

ディーン・リチャードソン

更新：

Quantaの提案のおかげで、私は/var/log/mysql/error.logファイルを調べました。ポインタ、致命的な信号など、実際にはあまり理解できなかったエラーメッセージが見つかりました。ただし、mysqlのマニュアルページ参照も見つかりました。 --innodb_force_recovery =＃オプションでmysqldを起動してから、問題のある/破損したデータベースまたはテーブルをダンプ（またはドロップ）することをお勧めします。

エスカレートするオプションレベルを1つずつ処理しました（innodb_force_recovery = 1、innodb_force_recovery = 2など）。これにより、コマンドラインからmysql -u root -pを正常に実行し、いくつかのコマンドを実行できました。本番データベースでクエリを実行できましたが、開発データベースをクエリ、ダンプ、または削除しようとするとエラーが発生し、mysqlへの接続が失われました。

だから私は進歩を遂げましたが、どういうわけか私の開発データベースをドロップまたは修復できるようになるまで、まだアプリをロードすることができません。

さらにアドバイスや提案はありますか？

ありがとう！

ディーン

更新：

コマンドラインからSudo mysqld --innodb_force_recover = 1を実行した直後、error.logには次の内容が含まれています。

Sudo mysqld --innodb_force_recover = 1を再試行した直後、error.logファイルに次のように表示されます。

130308  4:55:39 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
130308  4:55:39 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
130308  4:55:39 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
130308  4:55:39 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
130308  4:55:39 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
130308  4:55:39 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
130308  4:55:39 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
130308  4:55:39  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
130308  4:55:40  InnoDB: Waiting for the background threads to start
130308  4:55:41 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 10259220
130308  4:55:41 InnoDB: !!! innodb_force_recovery is set to 1 !!!
130308  4:55:41 [Note] Server hostname (bind-address): '127.0.0.1'; port: 3306
130308  4:55:41 [Note]   - '127.0.0.1' resolves to '127.0.0.1';
130308  4:55:41 [Note] Server socket created on IP: '127.0.0.1'.
130308  4:55:41 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
130308  4:55:41 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.29-0ubuntu0.12.04.2'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu)

その後、mysql -u root -pおよび

mysql> drop database molex_app_development;
ERROR 2013 (HY000): Lost connection to MySQL server during query
mysql>

error.logには以下が含まれます：

dean@dgwjasonfried:/var/log/mysql$ tail -f error.log
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f6a3ff9ecbd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f6a1c004bd8): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 1
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
130308  4:55:39 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
130308  4:55:39 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
130308  4:55:39 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
130308  4:55:39 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
130308  4:55:39 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
130308  4:55:39 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
130308  4:55:39 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
130308  4:55:39  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
130308  4:55:40  InnoDB: Waiting for the background threads to start
130308  4:55:41 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 10259220
130308  4:55:41 InnoDB: !!! innodb_force_recovery is set to 1 !!!
130308  4:55:41 [Note] Server hostname (bind-address): '127.0.0.1'; port: 3306
130308  4:55:41 [Note]   - '127.0.0.1' resolves to '127.0.0.1';
130308  4:55:41 [Note] Server socket created on IP: '127.0.0.1'.
130308  4:55:41 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
130308  4:55:41 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.29-0ubuntu0.12.04.2'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu)
130308  4:58:23 [ERROR] Incorrect definition of table mysql.proc: expected column 'comment' at position 15 to have type text, found type char(64).
130308  4:58:23  InnoDB: Assertion failure in thread 140168992810752 in file fsp0fsp.c line 3639
InnoDB: We intentionally generate a memory trap.
InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.
InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even
InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be
InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
10:58:23 UTC - mysqld got signal 6 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed, 
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=16777216
read_buffer_size=131072
max_used_connections=1
max_threads=151
thread_count=1
connection_count=1
It is possible that mysqld could use up to 
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 346681 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x7f7ba4f6c2f0
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7f7ba3065e60 thread_stack 0x30000
mysqld(my_print_stacktrace+0x29)[0x7f7ba3609039]
mysqld(handle_fatal_signal+0x483)[0x7f7ba34cf9c3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0)[0x7f7ba2220cb0]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x7f7ba188c425]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(abort+0x17b)[0x7f7ba188fb8b]
mysqld(+0x65e0fc)[0x7f7ba37160fc]
mysqld(+0x602be6)[0x7f7ba36babe6]
mysqld(+0x635006)[0x7f7ba36ed006]
mysqld(+0x5d7072)[0x7f7ba368f072]
mysqld(+0x5d7b9c)[0x7f7ba368fb9c]
mysqld(+0x6a3348)[0x7f7ba375b348]
mysqld(+0x6a3887)[0x7f7ba375b887]
mysqld(+0x5c6a86)[0x7f7ba367ea86]
mysqld(+0x5ae3a7)[0x7f7ba36663a7]
mysqld(_Z15ha_delete_tableP3THDP10handlertonPKcS4_S4_b+0x16d)[0x7f7ba34d3ffd]
mysqld(_Z23mysql_rm_table_no_locksP3THDP10TABLE_LISTbbbb+0x568)[0x7f7ba3417f78]
mysqld(_Z11mysql_rm_dbP3THDPcbb+0x8aa)[0x7f7ba339780a]
mysqld(_Z21mysql_execute_commandP3THD+0x394c)[0x7f7ba33b886c]
mysqld(_Z11mysql_parseP3THDPcjP12Parser_state+0x10f)[0x7f7ba33bb28f]
mysqld(_Z16dispatch_command19enum_server_commandP3THDPcj+0x1380)[0x7f7ba33bc6e0]
mysqld(_Z24do_handle_one_connectionP3THD+0x1bd)[0x7f7ba346119d]
mysqld(handle_one_connection+0x50)[0x7f7ba3461200]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x7e9a)[0x7f7ba2218e9a]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f7ba1949cbd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f7b7c004b60): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 1
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.

-ディーン

ubuntumysqlubuntu-12.04mysql5
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Dean Richardson

開始点として表示される最初のエラーを取り上げましょう。これによると、アップグレードに密接に関連しているようです。 http://forums.mysql.com/read.php?10,503634,503634# msg-503634mysql_upgradeを実行してみてください

また、次を使用してすべてのmysqlデータベーステーブルを確認することもできます。

myisamchk /var/lib/mysql/mysql/*.MYI

アップグレードの前後に、mysqlの正確なバージョンも投稿してください

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minniux

oracle mysqlをPercona Mysql Serverに切り替えることをお勧めします。

私はしばしばmysqlとinnodbの問題を抱えていました。 percona Guysは、mysqlサーバーで多くのパッチの適用とパフォーマンスチューニングを開発しています。

http://www.percona.com/software/percona-server

mysqlのdatadirに触れる必要はありません。移行中のデータに触れたり変更したりせずに機能します。

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chifiebre