nautilusでftp：//リンクを開く
この質問はまさに缶に書かれていることです。
現時点では、デフォルト設定では、すべてのftp：//リンク（Nautilusで初めて開く[サーバーに接続]で作成された[場所]メニューのブックマークも含む）がFirefoxで開きます（読み取りのみが可能で、書き込みはできません）。そのため、URLをnautilusにコピーして、nautilusで開き、ファイルを保存する必要があります。
これらのリンクをnautilusで開くにはどうすればよいですか？
gconf-editorで関連付けを変更できます。 desktop-> gnome-> url-handlersを展開し、FTPのエントリを見つけて、コマンドを好みに変更します。
それでも問題が解決しない場合は、以下を編集または追加してみてください。
x-scheme-handler/ftp=nautilusから~/.local/share/applications/mimeapps.list
または
x-scheme-handler/ftp=nautilus-folder-handler.desktopから/etc/gnome/defaults.list