非CRANパッケージをインストールするために関数install_githubが必要なので、devtoolsが必要ですdigitizeここ 。 R
をインストールしました
_Sudo apt-get install r-cran-robustbase
_
Terdonの答えが提案するように、私はすぐにRのパッケージをインストールしませんでしたが、許可を修正することができました:
_Sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/
_
これがデフォルトの設定だと思います。次に、rcsの回答が示すように、devtools
と_tpoisot/digitize
_を正常にインストールするには、
_Sudo apt-get install libssl-dev
Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')
_
最後のコマンドの出力は
_Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installation
_
install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)
を実行しますが、
_...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet \
CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b' \
--library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests
Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)
_
Sudo
なしでdigitizeをインストールする方法が見つかりませんでした。したがって、_Sudo R
_を実行し、同じことを繰り返すと、
_...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet \
CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b' \
--library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests
* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)
_
masi
を既存のグループstaff
に追加すると、Sudo
がなくても機能しますR
;フレッシュインストールでも必要です
_Sudo usermod -a -G staff masi
_
私はガイドに従います ここ 。 R
なしで_$HOME/Pictures/
_でSudo
を開始し、テストイメージを使用します here 。
マウスで軸の4つの点を選択しますcal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')
data.points = digitize::DigitData(col = 'red')
を実行し、データポイントであるポイントを手動で選択します2回目のクリックでプロットウィンドウを閉じます。
df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)
を実行してdf
を確認する
_ x y
1 71.50 NA
2 65.65 NA
...
24 26.80 NA
_
実行中head(df)
_ x y
1 71.50 NA
2 65.65 NA
3 64.60 NA
4 60.85 NA
5 59.05 NA
6 58.15 NA
_
R
とSudo
なし
_> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"
> > .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"
_
devtools
をリストしないコマンド_ls /usr/lib/R/library/
_。どうして?
_base compiler grid methods rpart survival
boot datasets KernSmooth mgcv spatial tcltk
class foreign lattice nlme splines tools
cluster graphics MASS nnet stats translations
codetools grDevices Matrix parallel stats4 utils
_
コマンド_ls -la /usr/local/lib/R/
_
_total 12
drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 5 root root 4096 touko 19 22:25 ..
drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
_
コマンド_ls -la /usr/local/lib/
_
_total 20
drwxr-xr-x 5 root root 4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 14 root root 4096 touko 19 22:13 ..
drwxrwsr-x 4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
drwxrwsr-x 3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
_
コマンド_R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R
_
_ R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
_
library(devtools)
が読み込まれます
以前のバグの理由
システム:Ubuntu 16.04 64ビットのクリーンインストール
ハードウェア:Dell PC 2013、Macbook Air 2013-mid、...
httr
は、システム要件として必要なopenssl
パッケージをインポートしますlibssl-dev
(Sudo apt install libssl-dev
)
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
* deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...
curl
パッケージには、システム要件libcurl4-openssl-dev
が必要です。
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...
したがって、インストールするには、次のコマンドを実行する必要があります。
Sudo apt-get install libssl-dev
Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
次に、Sudo R
を使用してRシェルを開始します。
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')
原則として、システムディレクトリの権限を変更するだけではありません。これがrootアクセスの目的です。権限を見つけた方法で元に戻し、次に、結果のルートRシェルからSudo R
およびinstall.packages
を実行します。
ここで、インストールできない理由は、表示される出力のすぐそこにあります。
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’
どうやら rcsで説明されているように 、Ubuntuでは、最初にlibssl-dev
とlibcurl4-openssl-dev
をインストールする必要があります。
次の問題は、ルートユーザーのRインストールに/usr/local/lib/R/site-library
の出力の最初のディレクトリとして.libPaths
があり、それが通常のユーザーのパスにないことです。これはrootの最初のエントリなので、ライブラリがインストールされた場所です。
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
したがって、簡単な解決策は、~/.Rprofile
というファイルを作成して、次の行を追加することです。
.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")
あるいは、またはさらに、次のような行を含めることができます
.libPaths("/home/masi/Rlibs")
これにより、ライブラリを/home/masi/Rlibs
(好きな名前を選択)ディレクトリにインストールできるようになるため、Sudo R
の必要がなくなります。
または、環境変数R_LIBS_USER
を/usr/local/lib/R/site-library/
(または/home/masi/Rlibs
、またはライブラリがインストールされている他の場所)に設定することもできます。この行を~/.profile
に追加してください:
R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/