web-dev-qa-db-ja.com

Rの開発ツールをインストールしてデジタル化する方法は？

非CRANパッケージをインストールするために関数install_githubが必要なので、devtoolsが必要ですdigitizeここ 。 Rをインストールしました

_Sudo apt-get install r-cran-robustbase
_

Terdonの答えが提案するように、私はすぐにRのパッケージをインストールしませんでしたが、許可を修正することができました：

_Sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/
_

これがデフォルトの設定だと思います。次に、rcsの回答が示すように、devtoolsと_tpoisot/digitize_を正常にインストールするには、

_Sudo apt-get install libssl-dev
Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')
_

最後のコマンドの出力は

_Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation
_

install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)を実行しますが、

_...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)
_

Sudoなしでdigitizeをインストールする方法が見つかりませんでした。したがって、_Sudo R_を実行し、同じことを繰り返すと、

_...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)
_

masiを既存のグループstaffに追加すると、Sudoがなくても機能しますR;フレッシュインストールでも必要です

_Sudo usermod -a -G staff masi
_

インストールのテスト

  1. 私はガイドに従います ここ 。 Rなしで_$HOME/Pictures/_でSudoを開始し、テストイメージを使用します here 。

  2. マウスで軸の4つの点を選択しますcal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

enter image description here

  1. data.points = digitize::DigitData(col = 'red')を実行し、データポイントであるポイントを手動で選択します

enter image description here

  1. 2回目のクリックでプロットウィンドウを閉じます。

  2. df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)を実行してdfを確認する

    _       x  y
1  71.50 NA
2  65.65 NA
...
24 26.80 NA
_

    実行中head(df)

    _      x  y
1 71.50 NA
2 65.65 NA
3 64.60 NA
4 60.85 NA
5 59.05 NA
6 58.15 NA
_

インストールの詳細

  • RとSudoなし

    _> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"
> > .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"  
_

  • devtoolsをリストしないコマンド_ls /usr/lib/R/library/_。どうして？

    _base       compiler   grid        methods   rpart    survival
boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils
_

  • コマンド_ls -la /usr/local/lib/R/_

    _total 12
drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
_

  • コマンド_ls -la /usr/local/lib/_

    _total 20
drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
_

  • コマンド_R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R_

    _ R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
 Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
 Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
 ...
_

  • library(devtools)が読み込まれます

微分ツール

以前のバグの理由

  • クリーンシステムなし：14.04、15.10などからアップグレードされたシステム.
  • 前のもののために権限/所有者を台無しにしました。
  • プロセスでの自分のミス。
  • 障害が発生した場合のバックアップはありません。
  • ...
  • ドキュメントがありません

システム：Ubuntu 16.04 64ビットのクリーンインストール
ハードウェア：Dell PC 2013、Macbook Air 2013-mid、...

ubuntusoftware-installationr
8
Léo Léopold Hertz 준영

httrは、システム要件として必要なopensslパッケージをインポートしますlibssl-dev（Sudo apt install libssl-dev）

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

curlパッケージには、システム要件libcurl4-openssl-devが必要です。

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

したがって、インストールするには、次のコマンドを実行する必要があります。

Sudo apt-get install libssl-dev
Sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

次に、Sudo Rを使用してRシェルを開始します。

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')
11
rcs

原則として、システムディレクトリの権限を変更するだけではありません。これがrootアクセスの目的です。権限を見つけた方法で元に戻し、次に、結果のルートRシェルからSudo Rおよびinstall.packagesを実行します。

ここで、インストールできない理由は、表示される出力のすぐそこにあります。

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’

どうやら rcsで説明されているように 、Ubuntuでは、最初にlibssl-devとlibcurl4-openssl-devをインストールする必要があります。

次の問題は、ルートユーザーのRインストールに/usr/local/lib/R/site-libraryの出力の最初のディレクトリとして.libPathsがあり、それが通常のユーザーのパスにないことです。これはrootの最初のエントリなので、ライブラリがインストールされた場所です。

 Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

したがって、簡単な解決策は、~/.Rprofileというファイルを作成して、次の行を追加することです。

.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")

あるいは、またはさらに、次のような行を含めることができます

   .libPaths("/home/masi/Rlibs")

これにより、ライブラリを/home/masi/Rlibs（好きな名前を選択）ディレクトリにインストールできるようになるため、Sudo Rの必要がなくなります。

または、環境変数R_LIBS_USERを/usr/local/lib/R/site-library/（または/home/masi/Rlibs、またはライブラリがインストールされている他の場所）に設定することもできます。この行を~/.profileに追加してください：

R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/
2
terdon