「unity-lens-shopping」を削除した後も、Software Centerからの迷惑なヒントが残っています。
それらを非表示にするには、次の場所に移動します。
ダッシュホーム、検索アプリケーション、フィルター結果、ソースを選択し、「ローカルアプリ」に設定します。
新規ログイン後、フィルターはリセットされます。実際に何かをするために、これはうまくいくようです:
gsettings set com.canonical.Unity.ApplicationsLens display-available-apps false
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Ubuntu 13.04には、「nity-Tweak-tool」という新しいパッケージがあります。それを試してみてください。