Ubuntu 16.04をインストールしてから(ホームディレクトリは保持したまま)、変更できない壁紙が壊れています(つまり、壁紙を変更しても何も起こりません)。 Unityのリセット(unit-Tweak-tool --reset-unity)とCompizのリセット(dconf reset -f/org/compiz /)を試みました。現在、壁紙はありません(黒)。それでも、壁紙を変更しても効果はありません。
また、新しいユーザーを作成してみました。新しいユーザーは正常に動作し、壁紙も変更できます。実際、ホームディレクトリを保持していることが問題であり、UnityとCompizをリセットする可能性があると考えたのはそのためです。
1)このコマンドを試してください
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.background active true
2)nautilusを実行する
nautilus -n