アップグレードでは、パーティションテーブルが保持され、カスタムファイルを含むすべてのディレクトリがフォーマットされませんか？
Software Updaterで提案されているように、現在のシステム（16.04）で（18.04.2への）アップグレードを管理したいのですが。ただし、現在のファイルシステムで専用パーティションにマウントされている/ home、/ opt、/ usr/localの内容も保持したいと思います。
/ homeをそのままにすることは、ささいな要件のように聞こえます。一方、他の2つのディレクトリには、ユーザーが削除したくないカスタムインストールとリンクも含まれていますが、Software Updaterがそれらをフォーマットするかどうかはわかりません。
ここでの質問は次のとおりです。自動アップグレード手順は、システムが厳密に必要とするファイルシステムディレクトリ（/、/ boot、/ var、/ tmp、/ etcなど）のみを上書きし、その他はそのままにしますか？
答えは、私がこの道を進んだ場合、将来必要となる仕事の量を理解するのに役立ちます。または、インストールを手動で操作して、それらのディレクトリを保持することもできます。
アップグレード手順では、パーティションはフォーマットされません。
ただし、古いパッケージは新しいパッケージに置き換えられます。古いファイルを保存するか、それらを置き換えるかを尋ねられる場合があります。
多くのカスタマイズと非標準のソフトウェアがある場合、アップグレードがスムーズに行われない可能性が非常に高くなります。特に16.04から18.04へのパス。これは、デスクトップ環境がUnityからGNOME、LightDMからGDMに大幅に変更されたためです。
たとえば、メインコンピュータでこのようなアップグレードを成功させることはできませんでした。
したがって、あなたのケースでは、バックアップを実行してから、Ubuntu 18.04の新規インストールを実行することを強くお勧めします。次に、カスタマイズを行い、すべてのソフトウェアを最初からインストールします。
これは大変な作業だと思います。そのため、私はまだ16.04を使用しています。
別の方法は、バックアップを実行し、アップグレードして何が起こるかを確認することです。
文字通り質問に答える：パーティションテーブルは保持されます。ディレクトリの「フォーマット」などの用語はありません。それらがクリアされることを意味する場合、答えは否定的です。
多くのパッケージは、/etcおよびホームディレクトリ内のカスタマイズをサポートしています。次に、/etc内ではなく、ご家庭内でのカスタマイズを推奨します。 /etcを使用してカスタマイズすると、それらはアップグレード中に失われる可能性がありますが、通常はプロンプトが表示されます。
カスタマイズする場所は/etc/grub/default内だけなので、grubなどの一部のパッケージでは選択肢がありません。
16.04から18.04へのアップグレードには2、3回の試行が必要です。エラーメッセージが表示されてクラッシュします。 16.04に戻り、古いファイルをクリーンアップして（または未使用のアプリを削除して）、プロセスを繰り返します。
ライブシステムではアップグレードせず、クローンでアップグレードします。
アップグレード中にファイルが見つからない、またはファイルが変更された場合は、クローン作成を繰り返し、特別なコピーを作成して、アップグレードを繰り返します。
ルールを曲げて、16.04から19.04に直接アップグレードすることもできましたが、それには多くの課題が伴いました。
アップグレードが成功した後でも、新しいバージョンのテストなどに何週間も費やします Pilot6の回答 欠陥を見つけた後、毎日のOSとして16.04に戻ります。私はまだ18.04または19.04のクローンアップグレードを時々ブートして、Ask Ubuntuでこれらのバージョンについて質問されたときに実験を行っています。