まだ回転している場合でも、取り出したドライブを切断できますか？
Ubuntu 12.04を実行しています。 USBディスクをマウント解除（イジェクト）すると、電源LEDが常に「オン」になり、10分後にディスクがまだ回転していると感じることができます。
これは、ディスクがシステムからアンマウントされていないことを意味しますか？ USBケーブルを外しても安全ですか？外付けディスクに損傷を与えたくありません。
はい、ドライブを取り出した後は、USBケーブルを取り外したり電源を切ったりしても安全です（ドライブで電源アダプタを使用している場合）。マウントを解除する場合は、複数のパーティションがある場合、それらがすべてマウント解除されていることを確認してください。
外付けハードドライブを取り出したりアンマウントしたりしても、必ずしもスピンダウンまたは電源オフになるとは限りません。その動作は、USBとSATAを接続するハードディスク内のコントローラー次第です。イジェクトは、保留中の読み取り/書き込み操作をすべて終了するようにドライブに指示し、すべての通信を停止します。
パーティションをアンマウントした後にudisks --detach /dev/sd[letter-of-the-disk]を実行してみて、その後ディスクがスピンダウンするかどうかを確認しますか？
man udisksから：
--detach device_file [--detach-optionsオプション]
オプションのコンマ区切りリストを使用して、device_fileで表されるデバイスを切り離します（たとえば、デバイスが接続されている物理ポートの電源を切ります）。