アプリケーションの構造によって異なります。これはマルチサイトですか？構成に大きなニーズはありますか？外部ライブラリはたくさんありますか？
ただし、 symfony のように、既存のフレームワークからインスピレーションを得ることをお勧めします（それらを使用することをお勧めします）。
重要なこと：公開ファイル（つまり、ブラウザーからダウンロードできるファイル（css、js、htmlなど））をアプリの内部ファイルから分離します。これにより、公開ファイルのみを直接提供することで、仮想ホストを構成してインストールを保護できます。
オートローダーがファイルを探す場所の例については PSR-0 PHP autoloader standard を見てください。 Zend推奨アプリのレイアウト 前述のオートローダーを使用します。
PSR-0オートローダー標準は、大規模なPHPフレームワークのいくつかのメンバーによって作成されました。
まあそれは言語に依存するとは思わない、あなたのサイトのデザインだけで、PerlとPHP（申し訳ありませんがフレームワークを使用しない））でWebサイトのスタッフを書き、基本的に次のように整理しますこの：
- フロントエンド/＃ここでユーザーが見ることができるもの
- backend /＃ここでは、ユーザーが実行できないがフロントエンドパーツ（データベース接続など）によって使用されます。
- docs /＃hereファイル
- スクリプト/必要なときに私が書くすべての単一のスクリプト（データベーススキーマの作成、いくつかのcronableスクリプト）
- img /＃Website画像
- DB /＃データベーススキーマ
しかし、私はあなた次第だと思います。