Windows 8/7/Vistaのx64エディションでは、C：\ Windows\System32フォルダーの内容はアプリケーションのbitnessに依存します。
64ビットアプリケーション（Windowsコマンドプロンプト、cmd.exeなど）の場合、ファイルシステムのリダイレクトはありません。C:\Windows\System32（ソフトウェア内）-> C:\Windows\System32（ディスク上）。
したがって、C：\ Windows\System32フォルダーには、64ビットアプリケーションの観点から、64ビットDLLおよびEXEファイルが含まれています。
Windows x64のWoW64サブシステムを介して実行される32ビットアプリケーション（Cygwinのbash.exeなど）の場合、ファイルシステムには2つのリダイレクトがあります。C:\Windows\System32（ソフトウェア内）-> C:\Windows\SysWOW64（ディスク上）。C:\Windows\Sysnative（ソフトウェア内）-> C:\Windows\System32（ディスク上）。
したがって、C：\ Windows\System32フォルダーには、32ビットアプリケーションの観点から、32ビットDLLおよびEXEファイルが含まれています。
32ビットアプリケーション（CygwinのJava*.exeなど）から64ビットアプリケーションおよびDLLファイル（bash.exeなど）にアクセスする場合は、次を使用する必要があります。 C:\Windows\Sysnativeパス、またはCygwin表記の/cygdrive/c/Windows/Sysnative。
（これは更新され拡張された回答です）