MSIはWindowsインストーラーデータベースです。 Windowsインストーラー（Windowsと共にインストールされるサービス）は、これを使用してシステムにソフトウェアをインストールします（ファイルのコピー、レジストリ値の設定など）。
Setup.exeは、ブートストラップまたは非msiインストーラーのいずれかです。非msiインストーラーは、それ自体からインストールリソースを抽出し、インストールを直接管理します。ブートストラップには、個々のファイルの代わりにMSIが含まれます。この場合、setup.exeはWindowsインストーラーを呼び出してMSIをインストールします。
setup.exeを使用したい場合があるいくつかの理由：
- Windowsインストーラーでは、一度に1つのMSIのみをインストールできます。これは、MSIに他のMSI（たとえば、.NETフレームワークやC++ランタイムなどの依存関係）をインストールさせることが難しいことを意味します。 setup.exeはMSIではないため、複数のMSIを順番にインストールするために使用できます。
- インストールの管理方法をより正確に制御したい場合があります。 MSIには、インストール、アップグレード、アンインストールなど、インストールの管理方法に関する非常に具体的なルールがあります。 setup.exeは、ソフトウェア構成プロセスを完全に制御します。これはreallyに多くの作業があるため追加のコントロールが必要な場合にのみ行う必要があります。
.msiファイルは、WindowsインストーラーランタイムのないWindowsインストーラーファイルです。setup.exeは、実行可能なプログラム（おそらく、コンピューターにインストールするもの）にすることができます。
MSIは、実行中のシステムにプログラムをインストールするインストーラーファイルです。
Setup.exeは、msiファイルをリソースの1つとして持つアプリケーション（実行可能ファイル）です。 Setup.exeを実行すると、msi（インストーラー）が実行され、アプリケーションがシステムに書き込まれます。
編集（コメントで提案されているように）：セットアップ実行可能ファイルは、必ずしも内部でMSIリソースを持っているとは限りません