Firefoxからターミナルへのコピー/貼り付けが機能しない場合がある
ある意味で、はい、2つの異なるクリップボードがあります（X11はそれらを「 selections 」と呼び、選択の1つだけが「クリップボード」と呼ばれます）。
おそらく、プライマリセレクションについて考えているでしょう（WindowsやMacよりもLinuxディストリビューションのように機能することを考えると、理解できる間違いです。ただし、記録としては、通常、同じキーボードショートカットを使用して対話できます。 Linuxの場合と同様に、WindowsおよびMacの場合はプライマリ選択を使用します）。
クリップボードは通常、 Ctrl+ {c、v}コピーと貼り付けのキーバインディング（それぞれ）。一方、プライマリセレクションにはいくつかの相互作用手段があります。マウスで何かを選択すると、自動的にプライマリ選択に配置されます。次に、通常は中クリックして貼り付けます。キーボードを使用することもできます：{Ctrl、Shift} +Insert 一次選択から/へのコピーと貼り付けに（それぞれ）使用できます。
奇妙なことに、Xのクリップボードはすべてのアプリケーションでサポートされているわけではないようです。 そして、残念なことに思われるかもしれませんが、プライマリセレクションとクリップボードを統合する方法はありません。 ただし、2つの解決策があります。
一次選択を使用する
ほぼ普遍的に利用可能であり、（少なくとも、私の謙虚な意見ですが）かなり柔軟性があります。別のクリップボードマネージャーを使用する
組み込みよりもはるかに強力な機能を提供するサードパーティのクリップボードマネージャーがたくさんあります。
たとえば、 xcmen または xclip を使用できます。しかし、私が数えることができるよりも多くの選択肢があります。
この回答を書いてしばらくして、私は clipit と呼ばれるクリップボードマネージャーを偶然見つけました。非常に便利な他の機能の中でも、clipitは、プライマリ選択とXクリップボードを同期する機能を提供します。これは、2つの選択を統合することと機能的に同等であり、非常に便利です。まさにあなたが探しているものだと思います。